Он уехал к себе на родину и издал там памфлет о нравах россиян и ужасах российского быта. Карьера привела его в стан шведского короля Карла XII, сделавшего Нойгебауэра своим секретарем, а потом и канцлером шведской Померании.

Одновременно с этим в 1705 году барон Генрих фон Гюйссен опубликовал книгу-панегирик, в которой восхвалялся царь Петр и осуществлявшаяся им политика. Таким образом, он стал решительным противником изгнанного из России Нойгебауэра.

Автор контрпамфлета стал новым воспитателем царевича Алексея. Гюйссен составил хорошо продуманный план образования Алексея, отводя место «нравственному воспитанию, изучению языков французского, немецкого и латинского, истории, географии, геометрии, арифметики, слога, чистописания и военных экзерциций». Завершалось обучение изучением предметов «о всех политических делах в свете и об истинной пользе государств в Европе, в особенности пограничных».

Сначала Алексей учился охотно и хорошо, но его нередко отрывал от учения отец, забирая с собой на войну, в походы и поездки, а Гюйссена посылая с миссиями за границу. В отсутствие Петра, не находясь под особенно строгим надзором и оставаясь в Москве, Алексей все теснее сближался с Нарышкиными, Вяземским и многими священниками, среди которых ему был особенно близок его духовник – протопоп Верхоспасского собора Яков Игнатьев. Духовник поддерживал в Алексее память о его несчастной матери, осуждал беззаконие, допущенное по отношению к ней, и часто называл царевича «надеждой российской».

В начале 1707 года Игнатьев устроил Алексею свидание с матерью в Суздале, о чем сразу же доложили Петру, находившемуся в Польше. Петр немедленно вызвал сына к себе, но не стал учинять разнос, а решил привлечь его к государственной деятельности. Семнадцатилетнего Алексея он назначил ответственным за строительство укреплений вокруг Москвы, поручил ему набор рекрутов и поставку провианта, а в 1709 году отправил в Дрезден для совершенствования в науках. Вместе с царевичем поехали за границу князь Юрий Юрьевич Трубецкой, граф Александр Гаврилович Головкин и Гюйссен.

В Дрездене царевич жил инкогнито и помимо ученых занятий увлекался музыкой и танцами. Тогда же начались переговоры о женитьбе Алексея на принцессе Софье-Шарлотте Брауншвейг-Вольфенбюттельской. Пока они шли, Алексей Петрович переехал из Саксонии в польский город Краков, где занимался фортификацией, математикой, геометрией и географией.

В марте 1710 года Алексей побывал в Варшаве, был принят Августом II и через Дрезден поехал в Карлсбад. В местечке Шлакенверт, что неподалеку от Карлсбада, он впервые увидел свою невесту – юную, добрую Вольфенбюттельскую герцогиню Софью-Шарлотту, которая сильно ему понравилась. В сентябре Алексей решил сделать Софье-Шарлотте официальное предложение и запросил на то разрешение отца. Петр согласие дал, и в мае 1711 года царевич отправился в Вольфенбюттель для знакомства с родителями невесты и обсуждения с ними брачного договора. 13 октября 1711 года Петр и Екатерина приехали в саксонский город Торгау, и на следующий день во дворце польской королевы было совершено венчание и отпразднована свадьба. 19 октября Петр уехал из Торгау, наказав Алексею в течение полугода заказать провиант для тридцатитысячного русского корпуса, стоявшего в Померании.

Через полгода в Померанию прибыл Меншиков и взял Алексея на театр военных действий.

Пребывание Алексея в Санкт-Петербурге

В конце 1712 года Алексей, по приказу отца, поехал в Петербург, оставив молодую жену в Брауншвейге. К лету Софья-Шарлотта приехала в Петербург, но вскоре оказалось, что первые чувства, охватившие их в Брауншвейге, в Петербурге сменились заметным охлаждением.

Тому способствовало и то, что Алексей снова попал в свое прежнее окружение, где все происходившее в России трактовалось как «дело антихристовое, Господу неугодное».