Лишь после третьего года раскопок на Гиссарлыке Шлиман решился посмотреть правде в глаза и во вступлении к первой публикации своих находок в книге «Троянские древности» откровенно предупреждает читателя о том, что Гомер, свидетельствам которого он вначале склонен был верить, как святому Евангелию, все же «не историк, а всего лишь эпический поэт, склонный ко всевозможным преувеличениям… А если учесть, что он посетил Трою спустя долгое время после ее гибели, и место, где она стояла, было погребено глубоко под нагромождениями строительного мусора, образовавшегося во время катастрофы, а в дальнейшем застроено зданиями нового города, то вполне естественно, что он не мог уже больше увидеть ни великую башню Илиона, ни Скейские ворота, ни дворец Приама, ибо каждый, кто посетил мои раскопки во время путешествия по Троаде, мог убедиться в том, что все эти памятники, овеянные бессмертной славой, скрыты под напластованиями толщиной от полутора до трех метров. Сам Гомер не предпринимал никаких раскопок и знал об этих постройках лишь из предания». В общем, как мы видим, мысль вполне здравая, и, если бы Шлиман твердо ее придерживался, она, возможно, спасла бы его от многих заблуждений. Тем не менее замечательный археолог до конца своих дней так и не смог окончательно расстаться с юношескими иллюзиями, и убежденность в исторической достоверности гомеровских преданий, как некое гипнотическое внушение, продолжала руководить всеми его поступками.

Особенно тяжелый удар пришлось пережить Шлиману во время четвертой, последней по счету экспедиции в Трою, состоявшейся в 1890 году, всего за несколько месяцев до его неожиданной смерти. В этой экспедиции принял участие уже довольно известный в то время немецкий археолог и знаток античной архитектуры В. Дерпфельд, который вскоре пришел к мысли, что Шлиман допустил в своих хронологических расчетах грубую ошибку (он просто не способен был квалифицированно произвести такие расчеты, не имея для этого специальной подготовки). Поселение, которое он признал «гомеровской Троей», в действительности было отделено от нее целым тысячелетием и существовало еще в эпоху ранней бронзы, то есть в III тысячелетии до н. э., тогда как, согласно вычислениям античных хронографов, разумеется также в высшей степени приблизительным и неточным, Троянская война не могла происходить ранее 1334 года до н. э. или позже 1129 года до н. э.

Работая на Гиссарлыке сначала вместе со Шлиманом, а затем, после его смерти, уже самостоятельно, Дерпфельд в конце концов пришел к выводу, что гомеровская Троя, в существование которой он верил так же твердо, как и его предшественник, должна находиться гораздо выше, чем предполагал Шлиман, а именно в шестом, если считать снизу, культурном слое городища. Именно здесь было открыто самое большое из всех поселений эпохи бронзы, выявленных на Гиссарлыке, — могучая цитадель, обнесенная высокими (до 9 метров) и толстыми (до 4,5 метра) стенами. Эта так называемая Троя VI просуществовала около 600 лет — примерно с 1900 по 1300 год до н. э. — и погибла, судя по некоторым признакам, в результате сильного землетрясения. При раскопках было найдено довольно много камней, упавших на землю со стен и домов, видимо, под воздействием сильных подземных толчков, но зато не удалось обнаружить никаких следов пожара, что могло бы свидетельствовать о гибели поселения вследствие вражеского нападения.