Согласно другой, более поздней версии мифа (ее в основном придерживается в своей «Аргонавтике» Аполлоний Родосский), аргонавты пересекли Понт по диагонали, проплыв от побережья Малой Азии, вошли в устье Истра (Дуная) и далее, двигаясь вверх по течению этой большой реки, достигли места, где она, по представлениям древних географов, разделялась на два протока, один из которых (восточный) впадал в Черное море, а другой (западный) — в Адриатическое. Проплыв по второму протоку, экипаж «Арго» проник в воды Адриатики, но потом, когда берега Греции были уже совсем близки, измученным героям пришлось снова вернуться на север, войти в устье реки Эридан (древнее название По), оттуда в Родан (Рону) и уже по этой реке спуститься в Средиземное море. Далее описываются долгие блуждания аргонавтов по неведомым водам дальнего запада. Рассказ Аполлония здесь во многом повторяет гомеровское повествование о странствиях Одиссея, влияние которого наверняка испытал на себе автор «Аргонавтики». Повторяется, хотя и с некоторыми вариациями и отклонениями от первоисточника, уже знакомый нам по «Одиссее» набор чудесных приключений. Аргонавты посещают Кирку, которая обходится с ними более милостиво, чем со спутниками Одиссея (может быть, помня о том, что Медея приходится ей племянницей): вместо того чтобы превратить героев в свиней, она совершает над ними, как это и было им предсказано, обряд очищения по общепринятому в древности обычаю (окропляет их кровью только что зарезанного поросенка). После этого «Арго» еще раз благополучно проплывает между блуждающими скалами (на этот раз они названы Планктами) — эпизод, явно дублирующий встречу с Симплегадами в начале похода, — минует пролив Скиллы и Харибды, затем остров Сирен, манящее пение которых заглушает своим пением и игрой на лире прославленный певец Орфей, весьма кстати оказавшийся среди участников похода, и без всяких приключений проходит мимо цветущих берегов острова Тринакрия, на которых пасутся священные стада бога Гелиоса. Далее следует курьезное происшествие на острове феаков, где аргонавтов настигает все время неотступно следующий за ними отряд колхов, посланный в погоню царем Ээтом. Колхи требуют выдачи Медеи. Тогда царь феаков Алкиной по совету своей супруги, мудрой царицы Ареты, принимает соломоново решение: Медея будет возвращена своему отцу, если она все еще девственница; если же она уже стала женой или хотя бы возлюбленной похитившего ее Ясона, то о возвращении не может быть и речи. По совету все той же хитроумной Ареты Ясон и Медея скоропалительно сочетаются узами брака и проводят свою первую брачную ночь в некой пещере, после чего одураченным колхам не оставалось ничего другого, кроме как просить у Алкиноя разрешения поселиться на его острове, так какпредстать пред грозные очи своего повелителя, так и не выполнив его поручения, они не решились.

Рассказав об этих событиях, Аполлоний снова возвращается к более древней версии мифа, известной уже Гесиоду и Пиндару, и аргонавты, во второй раз почти достигшие родных берегов, вдруг оказываются заброшенными в Ливийское море, то есть к побережью Северной Африки, долго странствуют по пустыне, подняв на плечи свой корабль вместе с восседающей на нем Медеей, посещают сады Гесперид, где незадолго перед тем успел побывать Геракл, и, наконец, попадают в Тритоново озеро, откуда с помощью местного бога Тритона находят путь в открытое море.