Первые века христианства нельзя назвать гуманной эпохой, но самому христианству всегда было чуждо насилие в делах веры, хотя ереси и секты постоянно сменяли друг друга и были очень опасными для еще неокрепшей Церкви Христовой. В обязанности дьяконов входило разыскивать и исправлять заблуждавшихся в вере. Первые епископы, следуя заветам Господа и апостолов, увещевали, а не карали. Суд епископов был простой и не отличался жестокостью. Самым сильным наказанием в эпоху раннего христианства было отлучение от церкви. Один из отцов церкви Иоанн Златоуст писал и проповедовал: «Христианам не дозволено уничтожать заблуждения силой, они могут вести людей к спасению только убеждением, разумом и любовью».

Со временем признания христианства государственной религией Римской империи, к церковным наказаниям добавились гражданские. В 316 году Константин Великий издал эдикт, присуждавший донатистов к конфискации имущества. Угроза смертной казнью впервые была применена императором Феодосием Великим по отношению к манихеям. и в 385 году уже казнили присциллиан. К V веку против еретиков действовали пятнадцать законов императора Феодосия, двенадцать – Аркадия, восемнадцать – Гонория и десять законов Феодосия II. У еретиков отнимали имущество, отбирали права наследства, запрещали торговать и заключать договоры. Им грозили огромными штрафами, наказанием плетью, ссылкой на пустынные острова, а в особо тяжких случаях смертной казнью по усмотрению местных властей. Еретиков увещевали и подвергали церковному покаянию.

Борьбу с ересями, сектами, расколами обосновал один из отцов церкви блаженный Августин. Не все способны воспринимать слова убеждения, поэтому иногда необходимо прибегать к воздействию страхом и наказанием. Родители наказывают своих детей, и сама любовь часто действует строгостью. Удары друзей полезнее, чем льстивые поцелуи врагов. Принуждение – спасительное лекарство. Не прибегать к нему означает воздавать злом за зло. Если мы видим врага, бегущего к пропасти в припадке безумия, не следует ли удержать его силой, чем допустить его гибель? Нетерпимость – это акт человеколюбия, спасение погибающего. Августин предлагал при необходимости меры строгости и наказания.

В начале VIII века в капитуляриях императора Карла Великого встречаются предписания, обязывающие епископов следить за нравами и правильным исповедованием веры в их епархиях, искоренять языческие традиции. В 884 году его сын Карл Лысый предписал епископам утверждать народ в вере с помощью проповедей, расследовать и исправлять его заблуждения. К еретикам все чаще и чаще вместо средств увещевания применялись насильственные меры. Наиболее строгими мерами стали конфискации имущества и сожжение на костре.

Крестовые походы против неверных на Востоке, в защиту Гроба Господня укрепляли в европейских умах понятие о богоугодности преследований врагов религии и наэлектризовали народ. Повсюду быстро возникали монастыри с суровыми уставами, распространялись слухи о скором наступлении Страшного суда. Мысль о спасении витала в восторженных умах, мысль о подвигах во славу религии, для исцеления души и тела.

В 1163 году на Турсксом церковном соборе впервые было произнесено слово «инквизиция». В 1185 году на Веронском соборе были изданы точные правила преследования еретиков, обязывающие епископов возможно чаще ревизовать свои епархии и выбирать зажиточных мирян, которые бы оказывали им содействие в розыске еретиков и предании их епископскому суду.