Во всей губернии в это время насчитывалось 158 тысяч жителей, в Сечи в плену находилось еще 50 тысяч поселян, угнанных казаками на продажу. Такого положения правительство потерпеть не могло.

22 марта 1775 года Екатерина поручила Румянцеву подготовить военные меры против казачьей вольницы. «Запорожцы столько причинили обид и разорения жителям Новороссийской губернии, — писала императрица, — что превосходит все терпение. Смирить их, конечно, должно, и я непременно то сделать намерена». Потемкину она поручила подготовить Манифест 3 августа 1775 года, в который «вносить нужно все их буйствы, почему вредное такое общество уничтожается». Это был манифест, извещавший об уничтожении Сечи жителей империи. Высочайший же рескрипт по этому поводу возник годом раньше, 21 июля 1774 года, но Потемкин «придерживал» его до более удобного времени. По окончании крестьянской войны представилась возможность осуществить задуманное.

Еще в январе 1775 года Григорий Александрович энергично отклонил предложение поселить на вверенных ему землях в Новороссии бывших сподвижников Пугачева, которые по приговору суда были освобождены от наказания. Девять видных участников возмущения — И. А. Творогов, Ф. Ф. Чумаков, В. С. Коновалов, И. С. Бурнов, И. П. Федулев, П. А. Пустобаев, К. Т. Кочуров, Я. Ф. Почиталин и С. М. Шелудяков — были помилованы, поскольку первые пятеро захватили и выдали правительству Пугачева, а остальные либо явились с повинной и привели с собой отряды повстанцев, либо передавали правительственным войскам сведения. Сначала по просьбе Потемкина генерал-прокурор А. А. Вяземский поместил девятерых «раскаявшихся» в Туле под присмотром драгунского полка, а затем их препроводили на поселение в Рижскую губернию.

Девять помилованных соратников Пугачева могли оказаться той спичкой, от которой бы вспыхнуло обиженное Запорожское войско. Все они имели опыт крестьянской войны. Все командовали крупными отрядами, а в окружении недовольных собратьев вынужденное «раскаяние» легко сменилось бы новыми «злодейскими вылазками». Полагая, что у запорожцев достаточно и своих заводил, Потемкин предпочел заслать пугачевцев под Ригу, где местные жители не понимали их языка.

Государственный совет одобрил предложение вице-президента Военной коллегии и признал необходимым «истребить кош запорожских казаков, как гнездо их своевольств, и, усмиря их, учредить над ними начальство». 4 июня 1775 года войска под предводительством генерала П. А. Текелли без сопротивления заняли Сечь. Жители и земли Запорожской Сечи вошли в состав Новороссийской губернии. Казакам было объявлено, что те из них, кто согласится жениться и обзавестись хозяйством, смогут продолжить службу в качестве нового казачьего войска, а правительство, в свою очередь, поможет им землей и скотом.

Потемкин желал создать на землях своего наместничества новый казачий кош. И это ему удалось. Многие запорожцы после роспуска Сечи предпочли служить в русской армии в иррегулярных войсках. Кроме них, к кошу примкнули бывшие некрасовские казаки, в 1784 году возвратившиеся из Турции в Россию. А позднее Черноморское войско было специально усилено выходцами с Дона. Для проживания и ведения хозяйства казаки получили земли на Кубани.

С самого начала управления Новороссийской и Азовской губерниями, где поселились казаки, Потемкин поддерживал старый принцип: «С Сечи выдачи нет». В секретном ордере генерал-майору В. М. Муромцеву от 11 августа 1775 года он приказывал: «Являющимся к вам помещикам с прошением о возврате в бывшую Сечь Запорожскую крестьян объявить, что как живущие в пределах того войска люди неизъемлемо все и вообще под именем того войска вступили по высочайшей воле в военное правление и общество, то и не может ни один из оных возвращен быть».