При А. П. Извольском в Министерстве иностранных дел России тоже проводились реформы, отличавшиеся тем, что они были инициированы снизу. Старые обычаи «времён Очакова и покоренья Крыма» уже не отвечали требованиям времени. С приходом Александра Петровича окончательно уходили в небытие горчаковские патриархальные порядки, когда сановники министерства могли приходить в «присутствие» и уходить домой, когда им заблагорассудится, брать документы для работы на дому и без спросу родниться с иностранными гражданами. От находившихся за границей сотрудников (П. С. Боткин, Д. А. Эйхлер, Ю. Я. Соловьёв, И. Я. Коростовец, А. А. Гирс и др.) посыпались многочисленные предложения, для разбора которых была создана специальная комиссия.

Своим товарищем Александр Петрович назначил посланника в Гааге Н. В. Чарыкова, с которым учился в Александровском лицее. Потом Чарыков станет послом в Константинополе, а на его место заступит «кабинетный» дипломат А. А. Нератов, никогда за всю свою службу не занимавший ни одного заграничного поста.

Преодолев страшное сопротивление со стороны старого чиновничества (например, любимца Ламздорфа А. А. Савинского), Извольский, в определённой степени следуя по стопам Горчакова, уволил управляющего второй (газетной) экспедицией Нивэ, назначил вместо него заведующего Санкт-Петербургским телеграфным агентством А. А. Гирса и установил тесный контакт и с агентством, и с прессой. Министр задался целью знакомить императора со всем тем, что появлялось в русской и иностранной периодике о России, русском правительстве и русской политике. Этим он наивно полагал привить Николаю II конституционный образ мысли. Будучи в области внутренней политики близким к кругу лиц, которые стремились сформировать правительство с участием общественных деятелей, Александр Петрович мечтал перенести этот принцип и на своё министерство. Но всё это были мечты и масса тщеславия — тщеславия, приведшего его к большой (боснийской) катастрофе для России и для него лично.

Но свежим ветром в коридорах дома на Певческом Мосту всё-таки слегка повеяло. Чиновники стали приходить раньше на работу. Дипломаты стали вникать в окружающие их события и встречаться с людьми из политики, журналистики и вообще глубже вникать в окружавшую их повседневную жизнь. В рамках Министерства иностранных дел заработала комиссия, призванная реформировать и упорядочить архаичные взаимоотношения Центра с загранучреждениями. Была изменена структура министерства, в частности вместо бывших департаментов были созданы отделы: 1-й — западноевропейский и американский, 2-й — Ближнего Востока, 3-й — Среднего Востока и 4-й — Дальнего Востока. Все должности в отделах, наконец-то, были введены в систему дипломатического рангирования: начальники отделов стали советниками, делопроизводители — старшими и младшими секретарями. Это давало возможность министру передвигать свои кадры и внутри ведомства, и за границей по единой должностной шкале. В отделах стали формироваться кадры с единым и богатым опытом работы в регионе или в стране региона, то есть для дипломатов вводили принцип специализации.

Начатая Извольским реформа дипломатического ведомства сразу упёрлась в недостаток денежных средств и тупое сопротивление Государственной думы, она затянулась до начала Первой мировой войны и полностью так и не была доведена до конца. Через Государственную думу, постоянно бунтующую и борющуюся с правительством, было проведено лишь несколько законопроектов: были повышены оклады для сотрудников Центра, но оставлены без изменения «долго и безуспешно пересматриваемые» заграничные штаты, так что дипломаты, находившиеся в загранкомандировках, были поставлены по сравнению со своими коллегами, работавшими в штате министерства, в неравные условия. Да и за границей разница между окладами послов и посланников и окладами секретарей была десятикратной. В результате служить в посольствах и миссиях могли лишь люди состоятельные, а лица, обременённые семьёй и не имевшие дополнительных доходов, рассчитывать на заграничную карьеру не могли.