А во вторник 15 мая в полдень, когда бояре собрались в Кремле в Думе, братья Толстые, примчавшись в стрелецкие слободы, стали кричать, что Иван Нарышкин всё же задушил царевича Ивана.

Стрельцы схватились за оружие, ударили в набат, и толпа со знамёнами и барабанным боем ринулась к Кремль. Боярская дума в страхе разбежалась. Тогда по совету Матвеева царица Наталья в сопровождении патриарха вышла с обоими царевичами на Красное крыльцо. Но и появление живого Ивана-царевича не остановило стрельцов, жаждавших крови. Не смог уговорить их и патриарх. Стрельцы кинулись на крыльцо и первым сбросили на копья начальника Стрелецкого приказа князя Михаила Юрьевича Долгорукова, а за ним — Матвеева и обоих изрубили на куски.

Ворвавшись во дворец, стрельцы повсюду искали Нарышкиных и их сторонников, заглядывая в сундуки, лари и даже в печные трубы, желая найти Ивана Нарышкина.

Были убиты десятки дьяков, бояр, дворцовых слуг, а их имущество разграблено.

На следующий день всё продолжилось снова, и снова кровь невинных жертв заливала Москву. Стрельцы успокоились только тогда, когда по настоянию Софьи им был выдан брат царицы Иван. Его за волосы вытащили из церкви, бросили в пыточный застенок и после долгих мучений отволокли на Красную площадь. Там его подняли на копья, потом бросили наземь и, изрубив в мелкие куски, втоптали их в грязь.

В этот же день взбунтовались боярские холопы. Вместе со стрельцами они пошли на Холопий приказ, разгромили его и уничтожили кабальные записи.

И хотя отныне холопы могли идти на все четыре стороны, почти все они либо вернулись к своим прежним владельцам, либо вновь похолопились, найдя себе новых господ, ибо холопство было в крови у всех них и они не только не знали, что такое воля, но и не представляли, как можно жить свободным человеком, потому что свободный человек должен был уметь кормить и одевать себя и свою семью сам, а холопов поил, кормил, одевал и говорил, что им делать, — хозяин.

Софья пообещала стрельцам выдать им все неустойки по прежним долгам, сверх того дать каждому по десяти рублей — деньги громадные, целое состояние — и выслать всех их обидчиков из Москвы. Тут же в ссылку были отправлены почти все Нарышкины, Лихачёвы и Языковы, сын Матвеева Андрей и ещё множество бывших стрелецких начальников.

По настоянию бунтарей во главе Стрелецкого приказа был поставлен их заступник и всеобщий любимец — князь Иван Андреевич Хованский.

По наущению Хованского стрельцы подали Софье челобитную, чтобы рядом с Петром был второй царь — Иван Алексеевич. 26 мая собранные с бору по сосенке москвичи и случайные люди из других городов, представлявшие, как им внушили стрельцы, всю Россию, пришли в Кремль и выкрикнули старшим царём Ивана, а младшим — Петра.

Через три дня, 29 мая, стрельцы по новой челобитной попросили царевну Софью «по молодости обоих государей» принять на себя правление государством.

И вслед за тем во все грады и веси «Великия, и Малыя, и Белыя России» были разосланы грамоты, коими все люди извещались, что «царевна София Алексеевна по многом отрицании, согласно прошению братии своей, великих государей, склоняясь к благословению святейшего патриарха и всего священного собора, милостиво соглашаясь на челобитие всех чинов московского государства, изволила восприять правление».

Появление на престоле правительницы-женщины было для Московского государства крайне необычным явлением.

Об Ольге Киевской не вспоминал никто — слишком уж давно она княжила. Правда, учёные монахи иногда говорили между собой о Зое Палеолог, византийской царевне, бывшей правой рукой и мудрой советчицей Ивана Васильевича III, коего в своё время называли «Великим», ибо именно в его правление Русь избавилась от Ордынского ига. Невольно приходило на ум, что и жену Ивана на Руси тоже звали Софьей.

Вспоминали и Елену Васильевну, царицу Московскую, которая была правительницей государства Российского и оберегательницей сына своего — будущего Ивана Васильевича IV, прозванного ещё при жизни его Грозным.