После казни Пустосвята надвинулась на Софью новая беда — князь Хованский, всё чаще упоминавший о своём царском происхождении от Великого Литовского князя Гедимина, похоже, стал заявлять свои претензии на шаткий московский трон.

Стали поговаривать, что 19 августа, во время крестного хода в Донской монастырь, стрельцы перебьют всю царскую семью, всех бояр и возведут князя Ивана Андреевича на престол.

Ни цари, ни царицы, ни царевны, ни бояре с крестным ходом не пошли, а 20 августа и вовсе уехали из Москвы — в Коломенское. Не было ни царской семьи, ни бояр и на праздновании Нового года — 1 сентября. А 2 сентября к воротам царской усадьбы оказалось прибито подмётное письмо, в котором Хованского обвиняли в том, что он собирается убить обоих царей, Софью, Наталью Кирилловну, патриарха и архиереев. Собирается выдать за своего сына одну из царевен, а прочих — постричь и сослать в монастыри, бояр же всех перебить. Софья тут же переехала со всеми своими ближними в хорошо укреплённый Савво-Сторожевский монастырь, под Звенигород, и немедленно разослала грамоты, обязывая всех служилых людей прибыть конно, пеше и оружно, ничем не отговариваясь, с великим поспешанием, чтобы извести воровство и крамолу Ивашки Хованского со товарищи.

13 сентября Софья переехала в село Воздвиженское, приказав, чтобы к 18 сентября съехались туда все бояре и служилые московские люди.

Накануне, 17 сентября, были именины Софьи, и в Воздвиженское прибыли тысячи людей. Ехал туда и Хованский, не подозревая о грозившей ему опасности.

Он был ещё в пути, когда Дума, прослушав подмётное письмо, которое зачитал им думный дьяк Фёдор Шакловитый, не желая спрашивать Хованского, заочно приговорила его к смерти. Навстречу Хованскому был послан с большим отрядом боярин князь Лыков, чтобы захватить и доставить его в Воздвиженское.

Лыков схватил Хованского-старшего и послал за Хованским-младшим. Княжича Андрея схватили в его подмосковной вотчине и привезли в Воздвиженское.

Хованских не пустили во дворец, а тот же Шакловитый в присутствии думных чинов вычитал им их вины перед воротами царской усадьбы.

Приговор кончался словами: «Злохитрый замысел ваш обличился. Государи приказали вас казнить смертию».

Отца и сына тут же и казнили, отрубив им обоим головы.

Боясь мести стрельцов за казнь их любимца и его сына, Софья тут же поехала в Троице-Сергиев монастырь — неприступную крепость, приспособленную к многомесячной осаде, и велела всем служилым людям немедленно двигаться туда же.

Софья за два дня добралась до Троицы, вошла в обитель и запёрлась в ней.

Далее события развивались совершенно в пользу Софьи. Стрельцы в Москве, узнав о казни Хованских, сначала схватились за оружие, но на Троицу не пошли, выставив лишь пушки у городских ворот да усилив надзор за боярскими холопами — вчерашними своими союзниками, боясь, что они выступят против них по наущению своих бежавших к Софье господ.

Софья между тем выжидала, с каждым днём накапливая силы, шедшие к ней со всех сторон. Стрельцы знали об этом и стали просить патриарха послать в Троицу архимандрита Чудова монастыря Адриана, чтобы звать на Москву Софью и её братьев, дабы принести им повинную. Софья, дождавшись Адриана, потребовала, чтобы в Троицу прибыли выборные по двадцать человек от каждого полка. Стрельцы покорно выполнили её волю и, явившись в Троицу, пали ниц перед царевной. Вычитав им суровое нравоучение, Софья велела, чтобы каждый полк подал повинную челобитную с поимённым общим рукоприкладством. После того выборных отпустили в Москву. С помощью патриарха такая повинная была составлена и подписана всеми стрельцами.

Софья с братьями и всем царским семейством возвратилась в Москву, въехала в Кремль как победительница, тотчас же заменив стрелецкие караулы дворянами и прочими верными ей служилыми людьми.

Начальником Стрелецкого приказа стал Шакловитый, начав своё управление казнью пяти заводчиков новой смуты и разослав по окраинам несколько десятков самых заядлых гилевщиков.