Когда матросы поняли, что могут без утайки рассказать обо всем, что творилось на «Пластуне», перед следователями предстала безотрадная картина. Виноватым мог оказаться любой. За самые мелкие прегрешения давали по пятьдесят линьков, за плевок на палубу – сто. Матросы вспомнили случай, когда у баталёра не оказалось уксуса. На вопрос старшего офицера: «Почему отсутствует уксус?» – тот ответил: «Когда я просился у вас съехать на берег и все закупить, вы меня не отпустили». Ответ был воспринят как дерзость, и несчастный баталёр получил 328 линьков. С показаниями матросов был не согласен спасенный мичман Березин, утверждавший, что ничего подобного на «Пластуне» не было. Однако следователи отнеслись к показанию мичмана с известным недоверием.

Восемнадцать человек показали, что командир со старшим офицером ежедневно били Савельева по лицу, ставили на ванты, сажали на бак, пороли линьками. Боцман Ларионов признал, что по приказанию командира он самолично не один раз бил Савельева линьками.

О всех других офицерах, кроме командира и старшего офицера, матросы отзывались только положительно.

На этом комиссия свою работу завершила. Дело о гибели клипера грозило перерасти в разбирательство о порядках, царящих на кораблях российского флота, и о бесправном положении матросов. Подобное разбирательство уже выходило за рамки компетенции комиссии. В «заключительном мнении», поданном генерал-адмиралу, комиссия отметила возможность версии с раздавленными ударными трубками. Что касается версии сознательного подрыва крюйт-камеры кондуктором Савельевым, то комиссия записала по этому поводу следующее:

«…Савельев был человек ленивый, беспечный и не совсем трезвый. Строгость же командира и старшего офицера нередко доходила до того, что, кроме телесных наказаний, ставили его на ванты, привязывали к бушприту и били по лицу, так что редкий день мог пройти ему без обиды. Понятно, что такая жизнь в продолжении трех лет могла довести человека до отчаяния; перед самым же взрывом старший офицер приказал ему идти на бак для наказания по окончании работ. Савельев же с некоторого времени предавался излишнему употреблению вина и, как должно полагать, в утешение от испытываемого им взыскания в этот день также выпил двойную порцию рому; и хотя после этого прошло уже пять часов, но, работая в душной и тесной крюйт-камере, доведенный побоями и угрозами до крайности, он, под влиянием предстоявшего наказания, мог, при своей бесхарактерности и малодушии, в минуту досады решиться положить всему конец – лишить себя жизни вместе со всеми сослуживцами на клипере. Нельзя, однако же, не заметить, что большинство сослуживцев его отвергает возможность этого умысла, предполагаемого только кондуктором Федоровым».

Так как пункт о кондукторе Савельеве был последним, следовательно, комиссия ненавязчиво, но все же давала понять, что склоняется именно к версии об умышленном подрыве «Пластуна».

Закончив работу, комиссия вице-адмирала Панфилова передала все материалы в морской генерал-аудиторат (прообраз нынешней военной прокуратуры). Там, внимательно изучив бумаги, поставили вопрос: не мог ли взрыв быть вызван какими-либо конструктивными недостатками самой крюйт-камеры. Изучение этого вопроса было поручено известному мореплавателю контр-адмиралу Унковскому. Им были изучены крюйт-камеры однотипных с «Пластуном» клиперов и допрошен строитель «Пластуна» штабс-капитан Василевский. Однако никаких серьезных недостатков в конструкции клиперной крюйт-камеры выявлено не было. Зато было выявлено, что истинное положение дел на «Пластуне» весьма отличалось от показного. Вопреки требованиям Морского устава осматривать командиром и старшим офицером крюйт-камеры один раз в четыре месяца и каждый раз после сильной качки, на «Пластуне» она осматривалась раз в год, никто не инструктировал и не проверял матросов, привлекаемых для работы в крюйт-камере, отсутствовали периодические проверки безопасности фонарей.