Внезапно внимание следователей привлекла фраза унтер-офицера Федорова о давнем конфликте между кондуктором Савельевым и бывшим в ту пору еще старшим офицером лейтенантом Дистерло. Дело было еще во время стоянки клипера в Хакодате. Тогда Дистерло распорядился положить фанаты в крюйт-камеру, а Савельев воспротивился этому и сказал, что там хранить боеприпасы не положено. На что Дистерло, топнув ногой, крикнул: «Пошел прочь!» При этом Федоров добавил, что так Дистерло вел себя всегда, когда выслушивал доклады матросов.

В ходе дальнейшего опроса было выявлено, что на борту «Пластуна» находилось гораздо больше пороха, чем те шесть пудов, о которых доложил командиру отряда лейтенант Дистерло. По свидетельству матроса Килека, во время пребывания в Николаевске на борт клипера было получено дополнительно четыре бочонка пороха, которые так и остались стоять в проходе крюйт-камеры. Это же подтвердили и некоторые другие матросы из числа спасенных.

Лейтенант Литке выдвинул версию, что во время передвижения ящиков в крюйт-камере матросы могли случайно надавить ящиком на одну из ударных трубок, та лопнула и воспламенила рассыпанный по палубе порох.

Чтобы проверить версию Литке, комиссия была вынуждена провести несколько экспериментов и в результате пришла к выводу, что подобный ход событий слишком маловероятен, ибо случайно раздавить трубку ящиком просто невозможно.

Именно тогда впервые была высказана мысль о преднамеренном подрыве корабля. При последующем опросе возможность отвергли все члены экипажа «Пластуна», кроме одного. Этим одним был унтер-офицер Федоров. Он сказал, что после долгих раздумий пришел к выводу, что взрыв был вызван умышленными действиями содержателя крюйт-камеры кондуктора Савельева. По словам Федорова, Савельев был очень озлоблен на командира. Обращение с командой со стороны командования клипера вообще было весьма плохим, но особенно доставалось именно Савельеву. Его буквально ненавидели и командир, и старший офицер. Дело доходило до того, что они его часто даже били.

Дальнейшие расспросы повергли следователей в изумление: как оказалось, на борту «Пластуна» издевательство над матросами носило постоянный и самый изуверский характер. Того же Савельева по приказанию старшего офицера однажды, заломив руки назад, привязали на несколько часов к бушприту. В другой раз он был нещадно выпорот линьками только за то, что в кубрике была обнаружена валявшаяся матросская шинель. По словам Федорова, и на этот раз он слышал приказание старшего офицера Савельеву после окончания работ в крюйт-камере идти на бак, где уже приготовлены линьки для его порки (факт подготовки к экзекуции подтвердил и матрос Алексеев). Вообще Савельев, по словам Федорова, был смирный и тихий, но, выпив, становился дерзким и смелым. По выходе клипера из Николаевска Савельев якобы выкупил у матроса Макарова на несколько месяцев вперед ежедневную винную порцию и начал пить. Оставшийся в живых Макаров факт продажи своей винной порции подтвердил. По мнению Федорова, был Савельев пьян и в последний день своей жизни. Однако мичман Кноринг заявил, что Савельев не мог быть пьяным в день катастрофы, иначе он бы это непременно заметил и ключей от крюйт-камеры ему никогда бы не выдал.

Все спасшиеся матросы отзывались о Савельеве положительно, считали его хорошим матросом, хотя и несколько медлительным, говорили, что он не способен не только кого-либо обидеть, но даже отругать. Тот факт, что кондуктор начал пить, все единодушно относили на счет постоянных издевательств над ним.

Когда матросы поняли, что могут без утайки рассказать обо всем, что творилось на «Пластуне», перед следователями предстала безотрадная картина.