Работать тогда приходилось в трудных условиях. Чуть какая промашка — сразу же выговор. Вот и Мишутин в начале 1935 года неожиданно получил от прокурора Куйбышевского края два «строгача». Произошло это так. В то время о машинах прокуроры районов и мечтать не могли. Поскольку район был немалый, добираться до поднадзорных организаций приходилось на попутном транспорте. Александр Николаевич нашел выход из положения — за свой счет купил для прокуратуры велосипед. Но на беду оказалось, что велосипеды предназначались только для «стимулирования хлебозаготовок». Поскольку прокуратура к таковым не относилась, стало быть, и велосипед ей не полагался. Приобретение велосипеда в прокуратуре края расценили как «дискредитирующий поступок» и объявили Мишутину строгий выговор. А в приказе заодно указали и еще один «криминал» — «несвоевременное расследование газетных заметок». Через месяц — опять прокол. На этот раз приказ был более серьезный. Мишутину объявили строгий выговор «за искривление директив партии и правительства в деле оказания юридической помощи населению», а также за содержание «ведомственного следователя» (надо полагать, Мишутин, чтобы «разгрести» дела, взял следователя на работу сверх положенного штата).

Вскоре Мишутин стал прокурором Николо-Пестровского района того же края. Там начались для него новые испытания. В октябре 1937 года на основании клеветнических материалов пленумом райкома партии он был исключен из рядов ВКП(б) со зловещей формулировкой — «пособничество врагам народа». Это уже был прямой путь на плаху. Александр Николаевич, обескураженный случившимся, сразу же дал телеграмму прокурору Куйбышевской области, прося разрешения на приезд в Куйбышев для личных переговоров. Однако через несколько часов Мишутин получил телеграмму, в которой сообщалось, что он отстранен от работы. С этого времени прокурор стал отчаянно биться за свою судьбу. Он написал свыше 20 заявлений только на имя прокурора СССР Вышинского, обращался к прокурору РСФСР Рычкову, в Комиссию партконтроля, но все безрезультатно, никакого ответа ни от кого он не получил.

Окаазвшись без средств к существованию (ему даже не выплатили компенсацию за неиспользованный в течение трех лет отпуск), Мишутин попытался устроиться на работу, но везде ему отказывали под любым предлогом. Вот как описывает этот период сам Мишутин: «Люди со мной не разговаривали, все избегали, мне даже лесхоз отказал в покупке дров, тогда как дрова продавались всему населению. Будучи в таком нервном состоянии, я серьезно заболел, у меня обострился туберкулез легких, и я слег в постель. Врачи на мои приглашения ко мне не являлись и медицинской помощи не оказывали». В Николо-Пестровский район приехал с выездной сессией спецколлегии областного суда заместитель прокурора Куйбышевской области Егоров. Отчаявшись найти справедливость, Мишутин попросил прокурора зайти к нему, так как сам лежал пластом. Егоров пришел к нему ночью и для подстраховки взял с собой исполняющего обязанности прокурора района Лапина. Мишутин попросил объективно проверить его работу, в чем Егоров ему отказал: «Мы сейчас по некоторым соображениям проверку работы делать не будем. Вы прокурор и защищайтесь сами как хотите». После такого ответа Мишутин, по его словам, находился на грани самоубийства. Только месяца через четыре его допустили к работе в том же районе в качестве следователя, а 16 марта 1938 года партколлегия по Куйбышевской области отменила незаконное решение пленума райкома.