Жизненные передряги не сломили и не озлобили этого человека. Он оставался таким же уравновешенным, спокойным, общительным. Некоторое время он работал прокурором Мелекесского района, а затем стал заместителем прокурора Куйбышевской области по спецделам. Во время Великой Отечественной войны, в 1942 году, его назначили на должность прокурора Ярославской области, а в 1944 году он возглавил прокуратуру Латвийской ССР, где проработал более пяти лет. За это время он окончил Всесоюзный юридический заочный институт, получил диплом юриста. В 1950—1951 годах Александр Николаевич работал в ЦК ВКП(б) инструктором, а затем стал заместителем (позднее первым заместителем) Генерального прокурора СССР.

На второй роли в органах прокуратуры Мишутин проработал до 1964 года, после чего уступил свое место ставленнику заведующего отделом административных органов ЦК КПСС Миронова — Малярову. Сам же Александр Николаевич довольствовался должностью председателя юридической комиссии при Совете Министров СССР, где служил до ее ликвидации в 1970 году. За время работы в органах прокуратуры А. Н. Мишутин был награжден орденами Ленина, Трудового Красного Знамени, Красной Звезды, а в 1985 году, уже находясь на пенсии, в связи с 80-летием со дня рождения был удостоен ордена Знак Почета. Скончался А. Н. Мишутин в 1988 году.

...Занятый важными государственными делами, Р. А. Руденко уже не так часто, как это было в первые годы, поднимался на судебную трибуну. Однако и не чуждался ее. В мае 1960 года возникло громкое уголовное дело и Генеральный прокурор сразу взял на себя миссию поддерживать по нему обвинение. Речь шла об американском летчике-шпионе Ф. Пауэрсе. Это был опытный секретный агент Центрального разведывательного управления США. Примерно с 1956 года он систематически выполнял полеты вдоль южных границ Советского Союза (с Турцией, Ираном, Афганистаном), собирая секретную информацию.

В праздничный день, 1 мая 1960 года, в 5 часов 36 минут по московскому времени, когда, как тогда пели, «утро красит нежным цветом стены древнего Кремля, просыпается с рассветом вся Советская земля», на сверхсекретном военном самолете-шпионе U-2, не имевшем опознавательных знаков, он вторгся, как писали газеты, «в воздушное пространство нашего государства».

Пауэрс имел задание пролететь по маршруту Пешевар (Пакистан) — Аральское море — Свердловск — Киров — Архангельск — Мурманск и приземлиться на базе Буде в Норвегии. Как можно заметить, маршрут довольно дерзкий. Учитывая, что летчик летел на высоте 20 тысяч метров, он был недосягаем для наших самолетов. На это и рассчитывали в ЦРУ, планируя такую авантюрную операцию. Части противовоздушной обороны СССР сразу же засекли летчика-шпиона. Около 9 часов утра, когда самолет был уже в районе Свердловска, а Москва готовилась к торжественному параду на Красной площади, советские ракетчики получили задание сбить иностранный самолет. О том, как это происходило, за последнее время появилось немало версий. Согласно официальным отчетам, самолет-нарушитель был сбит первой же ракетой. В постсоветский период стали писать о том, что и сбит-то был не первой ракетой, а жертвой первого выстрела стал наш самолет, но факт остается фактом — самолет уничтожили, а летчика захватили в плен, и после непродолжительного следствия он был предан суду Военной коллегии Верховного суда СССР.

Р. А. Руденко активно контролировал ход расследования уголовного дела по обвинению летчика-шпиона, лично допрашивал его, выясняя обстоятельства совершенного им преступления. Как было установлено следствием, Пауэрса завербовали в 1956 году, когда он подписал секретный контракт с ЦРУ США, обязуясь выполнять все разведывательные полеты за 2500 долларов в месяц. Подготовка к полетам на самолетах U-2 велась на секретном атомном полигоне Лас-Вегас в пустыне штата Невада. Подготовкой руководил полковник Перри, возглавивший впоследствии так называемое подразделение «10-Ю».