В сети советской разведки Клещинский попал в июле 1926 года. Его „служба“ обходилась ковенской резидентуре ОГПУ в 500 литов в месяц, одновременно какие-то деньги уходили в СССР родственникам агента. „Иванов-ХИ“ снабжал ИНО ОГПУ разнообразными сведениями о литовском правительстве, армии, политических и общественных деятелях. В обвинительном заключении на Клешинского было указано: „Освещал внутреннюю борьбу партий и давал подробную характеристику правящих кругов и высших военных начальников“, а также сообщал данные чисто военного характера, являясь „одним из деятельнейших агентов, причинивших большой вред (литовскому) государству и армии“.

В случае с Клещинским ОГПУ о конспирации особо не заботилось. Встречи с кураторами от ОГПУ происходили три раза в месяц и чаще всего на частной квартире Клещинского в Ковно. Информация об этих полусекретных контактах с советскими дипломатами дошли до литовской контрразведки, где решили взять под оперативное наблюдение бывшего начальника Генштаба. Уже после ареста литовская пресса писала, что Клещинский очень боялся разоблачения и одно время даже хотел сбежать в Турцию.

19 мая 1927 года в квартиру Клещинского ворвались агенты полиции. Помимо хозяина там был задержан помощник резидента ИНО ОГПУ (П. М. Журавлева) Н. О. Соколов. В результате столь громкого провала под угрозой расконспирирования оказалась вся деятельность ИНО ОГПУ в Литве. В результате Журавлеву, Соколову (консулу СССР в Ковно) и другим дипломатам-чекистам пришлось спешно покинуть литовскую столицу.

31 мая 1927 года Клещинский предстал перед военно-полевым судом. Судебное заседание проходило в VI форте. Подсудимый подал на имя литовского президента Сметоны прошение о помиловании и выразил сожаление по поводу своих преступных деяний, просил о даровании ему жизни. Свое выступление на суде он начал словами: „Мне очень стыдно, господа, смотреть вам в глаза. Я принужден был работать для тех, кого всей душой ненавидел. Сначала меня заставляло делать это материальное положение" Военно-полевой суд отклонил просьбы и приговорил Клещинского к расстрелу. На рассвете 1 июня 1927 года он был расстрелян.

Подобные провалы советской разведки и контрразведки, неудачная концовка операции „Трест“ и последующие события – попытка взрыва здания на Лубянке, теракты в Ленинграде и Белоруссии, убийство полпреда в Варшаве П. Л. Войкова, совершенное белоэмигрантом Б. Кавердой, – все это создало впечатление волны террора, захлестнувшей Страну Советов, немедленно вызвав тем самым ответную реакцию советских властей. Свою роль сыграло и ожидание начала военных действий со стороны некоторых западных держав („военная тревога 1927 года“).

В июне 1927 года заместитель председателя ОГПУ Г. Г. Ягода подписал директиву всем органам ГБ о производстве массовых операций „по аресту лиц, подозреваемых в шпионаже“. Вся оперативная работа по реализации этой директивы была возложена на „Центральную тройку", в которую вошли А Х. Артузов, начальник СО ОГПУ Т. Д. Дерибас и особоуполномоченный при Коллегии ОГПУ В. Д. Фельдман.

Эта „тройка" имела право выносить внесудебные приговоры (в том числе и смертные) „альбомным способом". Органы ОГПУ, проведя следствие на местах, отсылали в Москву лишь справку с фотографией обвиняемого, кратким изложением преступлений и предложениями о возможной мере наказания. На Лубянке же принимали окончательное решение о дальнейшей участи очередного „шпиона, монархиста, диверсанта и вредителя“.