Помня совет губернатора Камчатки не приближаться к берегам Татарии, подвластной Китаю, чтобы не возбуждать недоверия и подозрительности этой державы, Крузенштерн отказался от продолжения съемки. Пройдя еще раз вдоль цепи Курильских островов, «Надежда» вернулась в Петропавловск.

Начальник экспедиции воспользовался пребыванием в этом порту для того, чтобы произвести необходимый ремонт своего судна и чтобы восстановить памятник капитану Кларку, принявшему после смерти Кука начальство над его последней экспедицией, и Делилю де ла Кройеру, французскому астроному, спутнику Беринга в 1741 году.

Во время последней стоянки Крузенштерн получил собственноручное письмо русского императора, который, в знак удовлетворения его работой, прислал ему орден Святой Анны.

Макао явил взорам путешественников картину былого величия.

«Обширные здания, — говорится в отчете, — на пространных местах, окружаемые великими дворами и садами, по большей части пусты. Число живущих здесь португальцев весьма уменьшилось. Лучшие дома частных людей принадлежат сочленам факторий голландцев и англичан… В Макао считается от 12 до 15 тысяч жителей, из коих большую часть составляют китайцы, умножившиеся в сем городе столько, что выключая монахов и монахинь редко увидеть можно европейца на улице. "У нас более монахов, нежели воинов" — сказал мне один из здешних граждан, и сие было совершенно справедливо. Число здешних солдат не превосходит 150, между коими нет ни одного европейца. Все вообще макаоские и гоаские мулаты, даже и офицеры, не все из европейцев. С таким малым гарнизоном трудно защищать четыре великие крепости».

В ту минуту, когда «Надежда» собиралась сняться с якоря, появилась наконец «Нева». Это произошло 3 ноября. Оба корабля направились к острову Вампоа, лежащему перед устьем Жемчужной реки (Чжуцзян), близ Гуанчжоу (Кантона). После многочисленных, отнявших уйму времени проволочек, которые Крузенштерну удалось преодолеть благодаря твердой, но примирительной тактике, а также посредничеству английских купцов, доставленная партия пушного товара была там выгодно продана.

Девятого февраля 1806 года снова соединившиеся «Надежда» и «Нева» снялись с якоря и вместе двинулись через Зондский пролив. Пройдя Индийский океан, они в темноте опять потеряли друг друга, и до конца путешествия им больше не пришлось встретиться. 4 мая, после пятидесяти шести дней плавания от Зондского пролива и семидесяти девяти дней от Макао, «Надежда» стала на якорь в бухте Святой Елены.

«Кроме острова Святой Елены, — сообщает Крузенштерн, — неизвестно мне ни одно лучшее место для получения свежих потребностей по долговременном плавании. Рейд совершенно безопасен и удобнее, нежели в заливе Саймонс и Столовой бухте у мыса Доброй Надежды. Вход, если с осторожностью держаться к берегу, весьма легок, а при отходе нужно только поднять якорь и поставить паруса, чтобы выйти в море. Здесь довольно всякого рода жизненных потребностей, а особливо наилучшего овоща. В два или три дня можно запастись всем достаточно».

Отплыв 21 апреля, Крузенштерн прошел между Шетландскими и Оркнейскими островами, чтобы избегнуть Ла-Манша, где можно было встретить французских корсаров, и после благополучного плавания 7 августа 1806 года возвратился в Кронштадт.

Шестнадцатого апреля русский мореплаватель достиг острова Пукапука, названного Схоутеном Собачьим. Коцебу присвоил ему название Сомнительный, чтобы подчеркнуть расхождение между широтой, которую указывали для этого острова старинные мореплаватели, и той, которую он определил по своим собственным наблюдениям. По Коцебу, этот остров расположен на 14°50' южной широты и 138°47' западной долготы.

В последующие дни в северной части архипелага Туамоту был открыт необитаемый остров Румянцева (Тикеи), получивший свое название в честь инициатора экспедиции, и остров Спиридова с лагуной посредине, который является не чем иным, как атоллом Такапото в том же архипелаге Туамоту; затем была открыта цепь мелких островов Рюрика (Арутуа) и остров Крузенштерна (Тикехау).