В Третьей Государственной Думе «Единая Россия» представлена 147 членами партии. Думские фракции, которые были созданы партиями, вошедшими в «Единую Россию», до сих пор организационно независимы друг от друга. Вместе с группой «Народный депутат» они располагают, по некоторым подсчетам, 53% голосов палаты.

Интересно, что внутри «Единой России» в свое время наметился раскол по линии объединившихся «Единства» и «Отечества». Дело в том, что выходцам из «Отечества» практически закрыли доступ к рычагам внутрипартийного управления, а лидер «Отечества» Ю.Лужков на время стал номинальной фигурой, практически не имевшей влияния внутри партии. Все это не могло не возмущать представителей ОВР.

Значительные изменения в руководстве партии произошли в ноябре 2002 года. На заседании высшего совета партии «Единая Россия» 20 ноября 2002 года было принято решение о назначении Бориса Грызлова сопредседателем высшего совета партии и поручено ему осуществление функций председателя высшего совета партии. Напомним, что согласно уставу партии, «Высший совет Партии является органом, всемерно способствующим выполнению Программы и Устава Партии, определяющим стратегию развития Партии, содействующим укреплению авторитета и росту влияния Партии в российском обществе». Кроме того, было организовано Бюро высшего совета партии в составе председателя высшего совета и сопредседателей высшего совета. Кроме того, центральному исполнительному комитету было поручено создать из числа штатных работников центрального исполнительного комитета секретариат высшего совета и поручить руководство его деятельностью заместителю председателя центрального исполнительного комитета Е.Трофимову.

Назначение беспартийного Грызлова председателем высшего совета партии призвано, по мнению членов партии, завершить объединительные процессы внутри «Единой России».

По мнению ряда экспертов, одним из основателей «Единой России» является заместитель главы Администрации Президента РФ Владислав Сурков. Он, как известно, отвечает в Кремле за работу с депутатским корпусом. На данном этапе его позиции в деле партийного строительства и партийного контроля пошатнулись. По информации источника, Сурков и его соратники натолкнулись на противодействие условной «питерской» группы, в частности, на противодействие Виктора Иванова и Игоря Сечина.

Борьба за влияние на партию власти — «единороссов» началась еще в 2001 году, когда председателем Генерального Совета стал представитель «питерской» группы Александр Беспалов. Тогда же, как сообщает источник, от управления партией был фактически отстранен Сергей Шойгу. К 2002 году, по сведениям прессы, аппарат партии был практически полностью заменен, — в руководство пришли люди Беспалова на смену людям Шойгу.

Кадровые перестройки в партии привели к временному ослаблению влияния Суркова на деятельность партии. Так, например, это отразилось на законотворческом процессе: при рассмотрении закона «О гражданстве Российской Федерации» партия внесла жесткие поправки, пролоббированные, по некоторым данным, И.Сечиным, аппаратным противником Суркова.

В ноябре 2002 года произошли изменения в руководящем составе партии. Фактическим лидером, как упоминалось выше, стал Борис Грызлов. Многие эксперты полагают, что смещение А.Беспалова и назначение Б.Грызлова на пост председателя высшего совета — результат активных действий В.Суркова, который пока взял реванш в борьбе за контроль над партией власти.

В последующий период свои позиции в «Единой России» усилил Юрий Лужков. В состав руководящих органов был введен и Андрей Гордеев, министр сельского хозяйства России, представляющий «Российское аграрное движение».

В президентском окружении идет скрытая борьба за возможность руководить избирательной кампанией Президента РФ.