В августе 1997 года Александра Литвиненко перевели в седьмой отдел УРПО — отдел специальных задач. Литвиненко рассказывал потом, что перед ними поставили простую задачу: воры в законе распустились, посадить их невозможно, поэтому придется убирать внесудебными способами. Уже в эмиграции Литвиненко описывал, как его коллеги-чекисты «крышевали» бизнес. Отрабатывая деньги, не останавливались ни перед чем.

Благодарный Березовский позвонил только что назначенному директором ФСБ Путину, попросил принять Литвиненко. Подполковник принес Владимиру Владимировичу составленную им схему коррупционных связей бандитских группировок с силовыми ведомствами. Предложил создать внутри ФСБ подчиненную лично директору группу, которая займется борьбой с коррупцией. Путин подполковника выслушал, идеей не соблазнился…

Когда Литвиненко устроил пресс-конференцию и выступил с громкими разоблачениями системы госбезопасности, Путин расформировал управление по разработке и пресечению деятельности преступных организаций — любимое детище его предшественника генерала Николая Ковалева.

— История с пресс-конференцией, — объяснил Путин журналистам, — свидетельствует о внутреннем нездоровье нашей системы. Поэтому я и ликвидировал целиком это подразделение, в котором возник скандал… Я считаю, что эти офицеры просто обеспечивали себе рынок труда на будущее.

Главная военная прокуратура заявила, что обвинения Литвиненко в адрес руководства ФСБ не подтвердились. А вот коллеги-чекисты на Литвиненко сильно обиделись. Предательство корпоративных интересов на Лубянке не прощают. Уволили. Припомнили старые дела. Литвиненко и его приятелей по расформированному седьмому отделу обвинили в том, что они кого-то избили при обыске, на кого-то давили, добиваясь нужных показаний.

Березовский нашел Литвиненко работу — взял его в аппарат исполнительного секретариата СНГ советником отдела по вопросам безопасности департамента военного сотрудничества и безопасности. Но это подполковника не спасло. 25 марта 1999 года его арестовали по обвинению в превышении полномочий с применением насилия при проведении следственных действий. Задержали его бывшие сослуживцы. Литвиненко уверял, что по дороге в Лефортово один из них повторял:

— Зачем ты полез на телевидение? Попер против системы? Тебя же люди предупреждали. Сидел бы тихо.

В ноябре военный суд признал Литвиненко невиновным. Но сотрудники ФСБ его вновь арестовали. 26 ноября 1999 года в зале суда — невиданное дело! — появились вооруженные люди и увели Литвиненко, несмотря на возмущение судьи. 16 декабря суд освободил его из-под стражи под подписку о невыезде.

Осенью 2000 года бывший подполковник Литвиненко с семьей покинул Россию и через Турцию перебрался в Англию, где получил политическое убежище… Летом 2002 года его заочно судили в России и приговорили к трем с половиной годам тюремного заключения. Приговор был воспринят как политическая месть. В октябре Литвиненко, не отказываясь от российского гражданства, получил британское подданство.

С помощью разных журналистов написал несколько книг — «ФСБ взрывает Россию» (о причастности госбезопасности к взрыву домов в 1999 году), «Лубянская преступная группировка», «Вызываю себя на допрос». Многие утверждения Литвиненко вызывали серьезные сомнения, поскольку не подтверждались фактами, но в целом рисовали пугающую картину тесного сращивания спецслужб с криминальными структурами.

Отношение к самому Литвиненко и к его словам изменилось после его убийства.