— Самонадеянный Микеланджело не знал этого, — сказал он, — за что и поплатился. Откуда ему знать, флорентийцу? Вскоре на первых его фресках в Сикстинской капелле появилась плесень, и тогда пришлось за неудачу держать ответ и объясняться с папой.

Когда Рафаэль вновь появился в одном из залов, который был выделен ему для росписи, стены там уже были очищены и готовы для работы. Только на углах свода сохранилась роспись, выполненная Со́домой и его другом Бальдассаром Перуцци. Рафаэль попросил не трогать эти росписи, в чём выразилось его уважение к чужому труду, даже если в нём не всё было ему по душе. Но его заинтересовала работа Перуцци, создающая иллюзию глубины архитектурного пространства. Его и Со́дому привёз с собой банкир Агостино Киджи, некоронованный хозяин Сиены, в чьей финансовой поддержке нуждалась папская казна, хотя на возведение главной святыни христианства собирались немалые пожертвования. Говорят, одному францисканскому монаху удалось собрать несколько тысяч дукатов на строительство собора Святого Петра.

Рафаэль предложил Со́доме и его другу Перуцци поработать вместе, и те, приняв приглашение, вскоре оказались в его команде. Перед ним встал вопрос: с чего начать? Идею подсказал монсеньор де Грассис:

— Его Святейшество видел ваши работы в Перудже. Помню, что наиболее сильное впечатление на него произвела незаконченная фреска «Святая Троица» в Сан-Северо со Всевышним, держащим в руке Священное Писание. Вот с неё и начните.

Рафаэль засел за работу. Среди приставленных к нему советников были теологи, историки, литераторы и другие светлые умы из круга гуманистов, которым С. С. Аверинцев дал удачное определение — «римская ойкумена». Принято считать, что по совету самого папы к ним присоединился гуманист и видный богослов сорокалетний Эджидио да Витербо, который вскоре возглавил монашеский орден августинцев, пользуясь большим влиянием в Римской курии. Современники называли его «первейшим платоником своего времени». Как и его друг Пико делла Мирандола, он в молодости увлёкся изучением каббалы как источника толкования потаённого смысла Библии.

Это было время, когда между теологами и философами шла постоянная полемика о том, является ли наследие античной культуры «филологией» или «идеологией». Её истоки связаны с сочинением Петрарки «О своём и чужом невежестве», в котором автор корит себя за то, что отдаёт предпочтение античной культуре, а не христианскому идеалу, признавая, что тем самым он скорее «цицеронианец», нежели «христианин». В разговоре с друзьями Петрарка как-то заявил, что Цицерон никогда не приносил ему вред, «но чаще только пользу», хотя в те времена читать и хранить книги античных поэтов считалось величайшим грехом и всякий согрешивший подвергал свою жизнь опасности.

С помощью эрудитов, приставленных папой к Рафаэлю, была разработана основная тематика будущих росписей среднего зала. Вазари первым назвал его Станца делла Сеньятура, поскольку там подписывались вердикты папского суда и другие важные документы. По поводу назначения этой станцы нет единого мнения и имеется обширная литература. Пока ясно одно, что её главной темой стали теология, философия, правосудие и поэзия, на которых зиждется вся христианская культура. Их аллегорические изображения украшают свод, люнеты и часть боковых стен.