Помогающий Пифагору юнец — это, возможно, его сын Телауг, который пошёл по стопам великого отца. Сидящий слева лысый остроносый старик с длинной бородой записывает на клочке папируса то, что успел подглядеть через плечо у учителя. Это, вероятно, пифагореец Архимас, за спиной которого виден профиль другого ученика в шлеме, готового в любую минуту стать на защиту учёного. Над ними фигура смуглого безбородого человека в чалме, изогнувшегося в приветственном по-восточному поклоне с прижатой к груди рукой. Принято считать, что это арабский мыслитель XII века Ибн Рушд или Аверроэс, хотя ему надлежало бы быть ближе к группе Аристотеля и его учеников.

Сопровождающий арабского учёного светловолосый красивый паж — это, безусловно, юный Федерико Гонзага, которого папа Юлий держал в заложниках, дабы вынудить его отца, мантуанского герцога, к подчинению. Юнец жил в одном из ватиканских дворцов под надзором папских соглядатаев в своё удовольствие. Рафаэль был с ним знаком, и тот не раз посещал его мастерскую, заведя дружбу с некоторыми учениками, особенно с Джулио Романо. Федерико за годы пленения настолько вжился в римскую праздную жизнь, что не хотел возвращаться в отчий дом несмотря на настоятельные просьбы любящей матери маркизы Изабеллы д’Эсте.

Обращает на себя внимание выразительная по пластике и яркая по колориту фигура философа Анаксагора, а возможно Эмпедокла, так как оба близки пифагоризму. Осталась неузнанной прекрасная фигура юноши, облачённого в светлый паллиум и отстранённо глядящего на зрителя, словно вопрошая, удовлетворён ли он увиденным и проникся ли идеями и настроениями, выраженными на фреске. Принято считать, что это урбинский герцог Франческо Мария делла Ровере, только что побывавший в Риме во время свадебного путешествия с юной женой, с чем трудно согласиться. Если сравнить образ красивого светлокудрого юноши на фреске с ранним портретом самодовольного Франческо Мария с яблоком, легко заметить, что между ними нет никакого сходства. Рафаэль никогда не питал особой симпатии к герцогу, с именем которого была связана одна кровавая история. По всей видимости, это портрет нового светловолосого помощника художника по прозвищу Бавьера, о ком пойдёт речь чуть ниже.

Рафаэль показал себя непревзойдённым мастером построения сложной композиции, где каждой фигуре определено своё место, а все вместе они составляют единое нерасторжимое целое. Он проявил себя в многофигурной композиции как замечательный режиссёр, владеющий сценическим пространством и выстроивший продуманные до мелочей мизансцены. Но стоит признать, что без помощи советников, многие из которых стали его друзьями, ему трудно было бы разобраться с таким количеством известных исторических персонажей. В правом углу фрески Рафаэль, как бы поставив автограф, изобразил себя в компании друга и помощника Со́домы.

Особый интерес вызывает фигура задумавшегося Гераклита Эфесского, сидящего на переднем плане в одиночестве, в отличие от всех остальных персонажей в древнегреческих паллиумах или плащах одетого в затрапезную холщовую рубаху с длинными рукавами и обутого в сапоги. В предварительных рисунках и подготовительном картоне, хранящемся в миланском музее Амброзиана, эта фигура отсутствует. Она появилась в самый последний момент, когда Рафаэлю стало известно о возникших у Микеланджело трудностях и временной приостановке работ в Сикстинской капелле из-за нехватки выделенных средств в связи с новой военной кампанией, предпринятой папой и потребовавшей больших затрат, что привело также к повышению налогов.