Однажды под вечер, покинув папский дворец, Рафаэль случайно повстречался на площади перед строящимся собором Святого Петра с Микеланджело. На сей счёт существует легенда, пущенная в ход историком искусства Джован Паоло Ломаццо в его «Трактате об искусстве живописи», изданном в Милане в 1584 году, согласно которой Микеланджело, увидев Рафаэля со свитой поклонников и учеников, зло промолвил: «Ты ходишь как военачальник со своим войском», на что прозвучал ответ: «А ты ходишь один как палач». Трудно принять на веру эти слова, которые Рафаэль по самой своей сути и мягкости характера никогда не мог бы произнести, поскольку высоко ценил искусство своего главного соперника. Наоборот, первым его желанием было остановиться и поговорить по-дружески, выразив сочувствие коллеге в трудную минуту. Но тот молча кивнул головой и проследовал дальше.

Заметив, как по лицу Рафаэля пробежала тень огорчения, словно он чем-то обидел товарища, Джованни да Удине сказал:

— Не стоит расстраиваться, мастер. Он, как сыч, ни с кем не ладит, хотя все мы заняты одним делом.

Рафаэлю вспомнились Флоренция и встречи с Микеланджело, а особенно посещение его мастерской, пропахшей кошками и кислятиной. Хозяин дома оказался тогда на удивление приветлив, показал некоторые работы и по-товарищески поведал гостю о своих неладах с заказчиком. Теперь, как говорят, он живёт в полном одиночестве на отшибе близ форума Траяна, никого не принимая. Недавно появился новый сонет Микеланджело, переписанный от руки и получивший хождение в городе. Этот крик души великого мастера, излившего в стихах свою горечь при виде царившего на земле зла, потряс Рафаэля, и ему захотелось запечатлеть Микеланджело таким, каким увидел его на площади Святого Петра, пусть даже он не жалует его своим вниманием и сторонится по непонятной причине.

Так возникла идея представить Микеланджело в образе Гераклита. Правда, высказывается мнение, что изображённый на фреске одиноко сидящий философ скорее напоминает поэта петраркиста Антонио Тебальдео, с которым Рафаэль не раз встречался в художественных салонах и позднее написал его ныне утерянный портрет, о чём вспоминает Бембо. Поэту в ту пору было под пятьдесят, а изображённому на фреске Гераклиту лет тридцать пять, и с такой версией невозможно согласиться, а тем более представить эстетствующего поэта в затрапезной одежде и сапогах. Приведём сам сонет, в котором отражена напряжённая обстановка тех лет в Риме, занятом военными приготовлениями, что столь непохоже на наступивший золотой век, о чём так много писали и спорили в последние годы гуманисты:

Рафаэлю стало понятно, почему Микеланджело держал в тайне свои пронзительные поэтические откровения — за такую дерзость вполне могло грозить отлучение от Церкви. Когда были сняты леса и расписанный почти полностью плафон Сикстинской капеллы в отсутствие папы был открыт для обозрения, первое, что поразило Рафаэля, помимо грандиозности этого творения, это пришедшая ему на ум мысль, как, работая один, почти без помощников, Микеланджело смог справиться с, казалось, невыполнимой задачей написания картины от Сотворения мира до Всемирного потопа и разместить на фреске более трёхсот библейских персонажей. Трёхметровые фигуры пророков и сивилл в светлой цветовой гамме поражают своей жизненной силой. Фигура Зиждителя, разделяющего свет от тьмы и создающего небесные светила, дышит какой-то неистовой сверхъестественной силой. «Нет, — подумал Рафаэль, — без помощи свыше тут не обошлось, иначе трудно поверить в содеянное. Вряд ли мир увидит что-либо равное по космической силе воздействия». Дивное сияние гигантского плафона затмило фрески, написанные ранее на боковых стенах капеллы известными флорентийскими и умбрийскими мастерами, и только оштукатуренная алтарная стена выделялась как бельмо своей кричащей наготой.