27 августа 1914 года он буквально ворвался в кабинет командующего Балтийским флотом адмирала Эссена.

– Николай Оттович, у меня очень важное сообщение, – начал он свой доклад. – Сегодня ночью на камни возле острова Оденсхольм наскочил немецкий крейсер «Магдебург». В это время в море, на оборонительной позиции Ревель Гельсингфорс, находились наши крейсера «Новик», «Паллада» и «Богатырь». Они заметили крушение и попытались взять германца в плен. При подходе наших кораблей сопровождавший «Магдебург» миноносец развернулся и ушел полным ходом. Попытка его обстрелять к успеху не привела. Увидев наши корабли, немцы спешно подорвали свой крейсер. На остров удалось выбраться только 89 ти членам команды, остальные 100 погибли.

– А что с капитаном немецкого рейдера? – спросил Эссен.

– Фон Хабенихт жив, но находится в очень плохом состоянии, без сознания, – ответил Непенин, – важно другое – нами обнаружены шифровальные книги.

Для сокрытия факта изъятия кодовых книг с полузатонувшего корабля была проведена хитроумная операция прикрытия. Под видом Хабенихта под стражу заключили помощника Непенина, капитана 2 го ранга Ивана Ивановича Ренгартена. Офицер свободно разговаривал по немецки и внешне был похож на германского офицера. Как и рассчитывало русское командование, немецкая агентура смогла связаться с мнимым Хабенихтом, имевшим известную привычку заказывать газеты в шведском посольстве. Ему, разумеется, предоставили такую возможность. Над буквами одной из статей Ренгартен обнаружил еле видимые точки тире Морзе, складывающиеся во фразу:

Где книги? Сообщите так: если утопили, попросите журнал «Иллюстрированные новости», если сожгли, то «Шахматный журнал Кагана» с номером, соответствующим номеру котла на «Магдебурге».

Ренгартен заказал «Шахматный журнал Кагана» № 14. В этом котле «Магдебурга» были сожжены поддельные кодовые книги и подлинные обложки в свинцовом переплете.

На следующий день у «Магдебурга» немцами был высажен десант, и достоверность слов Ренгартена подтвердилась. Немцы убедились, что кодовые книги уничтожены.

Для расшифровки немецких кодов Непенин создал «мозговую группу» из нескольких офицеров – «Черный кабинет», упрятанный в эстляндской деревушке Шпитгамн. До самого конца войны офицеры дешифровальщики не имели права писать частных писем. Один из них рассказывал характерный для красочного адмиральского языка эпизод. «Когда мы приехали в Шпитгамн, осмотрели с ужасом глухомань и спросили, можно ли привезти жен, Непенин ответил: „Что? Жен? Никаких жен. Чешитесь о сосны“».

В 1916 году радиоразведку Балтийского флота обеспечивали десять радиопеленгаторных и десять станций радиоперехвата, расположенных на побережье. Радиограммы, перехваченные другими береговыми станциями, также поступали для дешифрования в «Чёрный кабинет».

По роду службы Непенин тесно общался с квартирмейстерами Главного Управления Генерального Штаба – под такой вывеской традиционно скрывались армейские разведчики. Тесное сотрудничество, взаимовыгодные контакты моряков и армеутов не прекратились после присвоения Непенину звания контр адмирала и назначения на «расстрельную» должность командующего Балтийским флотом. Адриан Иванович был своим человеком на Воскресенской набережной в доме № 28, где по соседству с казармами конвоя Его Императорского Величества расположилось неспокойное управление разведки Петроградского военного округа.