Положение дел в Ирландии было крайне тревожным. Вильгельм отправил туда армию под командованием герцога Фридриха Шомберга с целью подчинить себе враждебно настроенное население и его предводителей. Однако герцог предпочел остаться в оборонительной позиции и не начинать военных действий, ссылаясь на необученность своих войск и численное преимущество сил Якова II. Вильгельм был вынужден взять командование войсками на себя. С 16 000 солдат он отплыл из Честера. Через Ирландское море они переправлялись на 280 судах.

Когда Вильгельм высадился в Каррикфергусе на северо-восточном побережье Ирландии, он объединил силы с Шомбергом и двинулся на юг в сторону Дублина. Подойдя к Дроэде (Дрохеде), портовому городу в 35 милях (56 км) к северу от ирландской столицы, он узнал, что вражеская армия находилась неподалеку – на южном берегу реки Бойн. Силы якобитов, представленные в основном ирландскими католиками, стояли на первой линии обороны Дублина. Вильгельм опасался, что успеху его ирландской кампании помешает капризная погода влажной осени и морозной зимы, однако неожиданно ему выпал шанс одержать решительную победу. По некоторым сведениям, Вильгельм, обводя взглядом ирландские войска, сказал: «Рад видеть вас, джентльмены. Если вам удастся сбежать, это будет исключительно моя вина».

Накануне битвы, 30 июня, Вильгельм попал в поле зрения конной артиллерии Якова II. Развернув пушки, те выпустили в него пару ядер, второе ядро задело ему плечо. Он на мгновение пригнулся к шее лошади, и якобиты издали возглас ликования. Однако король тут же выпрямился. «Все в порядке, – сказал он, – выстрел был метким, но недостаточно». Рану перевязали, и Вильгельм продолжил готовиться к предстоящей битве.

Требовалось как можно скорее форсировать переправу через Бойн. Вильгельм возглавил кавалерию, которая наступала с левого фланга, а маршалу Шомбергу поручил командование пехотой. Паролем служило слово «Вестминстер». У каждого солдата протестантской армии на головном уборе красовалась зеленая ветвь, а ирландские якобиты в качестве отличительных знаков носили белые бумажные кокарды. Шомбергу оказалось непросто перейти реку. Кавалерия Якова вновь и вновь отбрасывала его назад. Тем не менее маршал держался стойко, перегруппировывал войска, не позволяя сломить сопротивление, и в конце концов якобиты получили приказ отступать. Сам Яков наблюдал за сражением издалека и под занавес бесславного финала отправился в рыбацкий поселок Дунканнон, откуда отплыл во Францию. В Ирландию он больше не вернулся, упустив последний шанс возвратить себе трон. Ирландцы, фактически брошенные на произвол судьбы, прозвали бывшего короля Яков-говнюк (ирл. Seamus a’chaca).

Битва на реке Бойн стала решающим сражением в войне двух королей и фактически положила конец попыткам установления католического господства в Ирландии. Лимерикский договор (Treaty of Limerick), заключенный в 1691 году, обещал ирландской армии якобитов и католическому населению великодушные условия. Однако ирландские протестанты отнюдь не торопились потворствовать религиозному врагу, и Дублинский (протестантский) парламент сформулировал собственные условия для прекращения англо-ирландской войны, которые получили название «законы против папистов и нонконформистов». Все сражавшиеся за Якова II лишались имущества. Землевладельцы-католики теряли право передавать свое имение по наследству. Католикам запрещалось занимать государственные посты, носить оружие и открыто исповедовать свою религию.