Хотя вмешательство Константина ничего существенно не изменило, но был создан важный прецедент: император в данном случае действовал как глава всей церкви и она предоставила ему соответствующие полномочия. Это было первым шагом к началу борьбы между церковью и государством, которая в той или иной форме продолжается и по сей день.

Поскольку к 324 г. Константин был абсолютным правителем объединенной империи, он мог более открыто проявлять свои симпатии к христианской религии. Таким образом, он решил созвать собор епископов для того, чтобы справиться с более серьезной и широко распространенной ересью, чем донатизм. В то время такие соборы уже стали традицией, но во время правления императоров-язычников проводить их было трудно, и многие боялись отправляться в далекий путь. Теперь ситуация кардинально изменилась: все епископы получили официальное приглашение и гарантированную защиту государства, с полного согласия императора. Это должен был быть Вселенский собор, первый из множества других.

В 325 г. (1078 г. AUC) епископы собрались в городе Никее, в Византии. Он находился неподалеку от столицы Диоклетиана Никомедии, которую Константин также сделал своей резиденцией. Кроме всего прочего, в Никею легко было добраться из больших центров христианского учения на Востоке, в особенности из Александрии, Антиохии и Иерусалима. Из-за большого расстояния епископы с запада прибыли в меньшем количестве, но некоторые приехали на собор из самой Испании. Основным вопросом, для обсуждения которого собирались все присутствующие, была арианская ересь. Несколько последних десятилетий один священник из Александрии по имени Арий проповедовал строгую монотеистическую доктрину. Он говорил, что существует только один Господь, принципиально отличающийся от своих созданий. Иисус, хотя и превосходящий возможностями любого человека или любое другое создание, был, тем не менее, сам создан Богом и не был вечным в том понимании, в котором вечен его создатель. Другими словами, когда-то единый Господь существовал, а Иисуса ещё не было. Некоторыми качествами он походил на Бога, но не был идентичен ему (в греческом языке слова, означающие «похожий» и «идентичный», различаются единственной буквой, йотой, самым маленьким значком в алфавите. Удивительно, что столетия горя, отчаяния и кровопролития последовали за спором из-за присутствия или отсутствия крохотной буковки).

Противоположное мнение наиболее искусно защищал Афанасий, простой священник также родом из Александрии. Он считал, что члены Троицы (Ветхозаветный Бог, Сын, то есть Иисус и Святой Дух, олицетворяющий то, что Господь вложил в природу и человека) — это различные аспекты одного и того же божества, что все они никем не созданы, вечны и полностью идентичны, а не просто похожи.

Сперва в Александрии, а затем и в других частях Империи начались споры между партией ариан и партией сторонников Афанасия, которые постепенно перешли в серьезные ссоры, где епископы осыпали друг друга проклятиями. Константин наблюдал за развитием ситуации с растущим недовольством. Поскольку он собирался использовать церковь в качестве орудия, помогающего Империи оставаться единой и сильной, необходимо было не допустить раскола из-за религиозных несогласий. Вопрос о доктрине следовало решить немедленно, раз и навсегда. Именно по этой причине император созвал Первый Вселенский собор в Никее. На соборе, длившемся с 20 мая по 25 июня, было вынесено решение в пользу доктрины Афанасия. Таким образом она стала официальным учением христианской церкви.

Однако собор в Никее принёс мало пользы. Последователи Ария так и уехали с него арианами и продолжали рьяно защищать свое учение.