Одна из ранних русских повестей начала XVII в. называет в качестве правителей, назначенных царем Иваном, князя И. П. Шуйского, князя И. Ф. Мстиславского и Н. Р. Юрьева. Принадлежность их к регентскому совету не вызывает сомнений. Следовательно, из списка регентов надо исключить либо Б. Я. Вельского, либо Б. Ф. Годунова.

Прямой ответ на поставленный вопрос дает записка австрийского посла Н. Варкоча, составленная им в конце 80-х годов. Выполняя специальное поручение австрийского двора, посол потратил много времени на то, чтобы получить в Москве достоверные сведения о завещании Грозного Н. Варкоч писал в донесении: «Покойный великий князь Иван Васильевич перед кончиной составил духовное завещание, в котором назначил некоторых господ своими душеприказчиками и исполнителями своей воли. Но в означенном завещании он ни словом не упомянул Бориса Федоровича Годунова, родного брата нынешней великой княгини, и не назначил ему никакой должности, что того очень задело в душе». Неофициальная Псковская летопись подтверждает эти сведения. По словам ее автора, Годунов расправился с И. П. Шуйским и митрополитом Дионисием, «им же бе приказал царь Иван царьство и сына своего Федора хранить».

Пока был жив царевич Иван, отсутствие детей у второго сына, Федора, не огорчало царя. Бездетность удельного князя отвечала высшим государственным интересам. Когда Федор стал наследником, все переменилось. Желая предотвратить пресечение династии, Грозный стал требовать от Федора развода с бесплодной Ириной Годуновой. После гибели царевича Ивана государь не решился поступить с младшим сыном столь же круто, и дело ограничилось одними уговорами. Возможно, что в завещании царь выразил свою волю по поводу брака Федора. Косвенным подтверждением догадки служит отсутствие среди опекунов «дворового» боярина Бориса Годунова. Царь желал лишить Бориса возможности помешать разводу Федора с Ириной Годуновой.

В «дворовой» иерархии самое высокое место занимал А. Ф. Нагой, дядя последней царицы — Марии Нагой. Знать ненавидела его не меньше Б. Я. Вельского. Нагой сделал карьеру благодаря доносам на главных земских бояр, которых он обвинил в предательских сношениях с Крымом. Но, безгранично доверяя своему любимцу, царь Иван не включил его в число опекунов Федора. Ввиду явной недееспособности Федора Нагие лелеяли надежду на передачу трона младенцу царевичу Дмитрию. Доверять им опекунство над Федором было опасно.

Грозный многие годы настойчиво пытался ограничить влияние боярской аристократии и утвердить самодержавную форму правления с помощью «двора». По иронии судьбы в регентском совете при его сыне знать получила видимый перевес. В полном соответствии с традицией главой совета стал удельный князь и первый земский боярин думы И. Ф. Мстиславский. Членами совета были «дворовый» боярин князь И. П. Шуйский, земский боярин Н. Р. Юрьев и «дворовый» оружничий Б. Я. Вельский. Формально «двор» и земщина получили равное представительство в регентском совете, но равновесие сил, которого так добивался Иван IV, оказалось призрачным.

После смерти Грозного в Москве распространился слух, будто царя отравили его ближние «дворовые» советники. Толки об этом вряд ли имели какое-нибудь основание. Последние два года жизни Иван IV тяжело болел. Римский посол Антонио Поссевино писал: «…существуют некоторые предположения, что этот государь проживет очень недолго». Давний недуг обострился весной 1584 г. Отчаявшись в выздоровлении, царь Иван в начале марта послал в Кирилло-Белозерский монастырь наказ старцам молиться за него, чтобы бог его «окаянству отпущенье грехом даровал, и от настоящие смертныя болезни освободил, и здравье дал».