Никогда еще земская дума не была столь малочисленной: в нее входило менее десятка бояр. Земской думе противостояла «дворовая» дума, в которой преобладали худородные дворяне.

После смерти Грозного начался процесс возрождения влиятельной и многолюдной Боярской думы. Многие знатные лица получили высшие думные чины по случаю коронации Федора. Назначения не прекращались и в последующие месяцы. В 1584–1585 гг. численность боярских курий думы возросла более чем вдвое. Подле старых членов думы появились новые: бояре князья Василий и Андрей Шуйские, князь И. М. Глинский, князья Никита и Тимофей Трубецкие, князь Ф. И. Троекуров, князь И. В. Сицкий, князь Ф. Д. Шестунов, князь Д. И. Хворостинин, а также Ф. В. Шереметев, Ф. Н. Романов, Степан и Григорий Годуновы, кравчий А. Н. Романов, окольничие князь Ф. И. Хворостинин, князь Д. П. Елецкий, князь Б. П. Засекин, князь И. В. Гагин, а также В. В. Головин, И. М. Бутурлин, И. И. Сабуров и А. П. Клешнин. Новый курс в отношении думы имел четкую политическую направленность. Боярская дума пополнилась почти исключительно за счет высшей знати и родни новой царицы. Причем земская знать получила больше мест в думе, чем бывшие «дворовые» чины. К бывшей земщине принадлежали ярославские князья — Троекуров, Сицкий, Шестунов, Засекин, Гагин, а также дворяне Шереметев, Романов, Головин, Бутурлин, Сабуров. С «дворовой» службы пришли князья Шуйские и Трубецкие, а также Годуновы. Боярская дума спешила избавиться от худородных думных дворян — фактических руководителей государства при Грозном. Многочисленная курия думных дворян таяла на глазах. Вслед за могущественными временщиками Б. Я. Вельским и А. Ф. Нагим думу покинул В. Г. Зюзин, прославившийся кровавыми расправами во время опричнины. Его имя навсегда исчезло из Разрядных книг. «Дворовый» окольничий С. Ф. Нагой, которого называли «орудием зла» в руках царя Ивана, был сослан на воеводство в Поволжье. Его брат, окольничий Ф. Ф. Нагой, попал в Углич. Б. В. Воейков утратил чин думного дворянина и в качестве рядового офицера (головы) удалился в Рязанский край.

С давних времен Боярская дума служила представительным органом высшей аристократии. Поколебленный опричниной традиционный порядок возрождался на глазах. Прежде всего дума вернула себе ряд функций и привилегий, упраздненных опричниной. Власти восстановили высшую в думе боярскую должность — конюшего, упраздненную после казни конюшего И. П. Федорова в 1568 г. Важнейшей комиссией Боярской думы была «семибоярщина». Она ведала столицей и всем государством в отсутствие царя. В годы террора Грозный изгнал бояр из столичной комиссии и препоручил ее дворянам и приказным, а затем и вовсе упразднил. При Федоре «семибоярщина» возродилась в полном соответствии с доопричной практикой. По случаю отъезда царя в Троицу в 1585 г. управление столицей осуществляли бояре Ф. И. Мстиславский, Н. Р. Юрьев, С. В. Годунов, князья Н. Р. Трубецкой, И. М. Глинский, Б. И. Татев и Ф. М. Троекуров.

Наряду с думными чинами знать получила из казны обширные земли и доходные места. Больше всех в торге из-за чинов и владений выиграли опекуны и их родня. В полной мере использовали выгоды своего положения Юрьевы — Романовы. Один только младший сын регента Н. Р. Юрьева Иван владел в 1613 г. 13 тыс. четвертей пашни в трех полях «старых вотчин». Романовым принадлежали на вотчинном праве городок Скопин, Романово городище в Лебядинском уезде и др. Огромных привилегий добились регент И П. Шуйский и его родня. И. П. Шуйский получил от казны богатые земли в Луховском удельном княжестве, принадлежавшем князьям Вельским, а позже валашскому господарю Богдану.