После смерти Донского его приемники на московском престоле продолжили работу по организации централизованной спецслужбы, в которой бы сочетались функции обеспечения личной безопасности государя, его семьи и «охранения Великого княжества». С этой целью в 1555 году из состава «Боярской избы» была выделена в отдельную структуру «Разбойная изба». В дальнейшем ее преобразовали в «Разбойный (татейный) приказ». На него возлагалось проведение сыска и следствия по делам «разбойного, душегубного характера», а также по лицам, «заподозренным в государевой измене».

Во времена правления царя Ивана IV — Ивана Грозного процесс формирования спецслужбы получил дальнейшее развитие. 5 января 1565 года он создал Особый корпус опричной стражи. На него также возлагались задачи: личной охраны, учинения сыска и расправы над лицами, заподозренными в государевой измене. Первоначально в его состав входило около 1000 «служилого люда». Во главе Особого корпуса был поставлен А. Басманов, пользовавшийся полным доверием царя. Опричники стали опорой для Ивана Грозного в борьбе с представителями старинных боярских родов, в подавлении междоусобиц и крамолы. Пощады не было ни к кому. Басманов казнил даже собственного сына, заподозренного в измене. Летучие отряды опричников рыскали по царству и каленым железом выжигали крамолу. Для большего устрашения они привязывали к седлу собачью голову и метлу, демонстрируя этим, что грызут «государевых изменников» и выметают измену. «Слово и дело государево», произнесенное опричником, было равносильно приговору для заподозренного в крамоле или государевой измене.

Со смертью Ивана Грозного прекратили свое существование династия Рюриковичей, а вместе с ней и Особый корпус опричной стражи. Трон государя московского лишился опоры, Великое княжество на целых 15 лет погрузилось в Смутные времена и подверглось «невиданному разорению». Оно закончились 7 (17) февраля 1613 года когда по «всенародному волеизъявлению» на престол взошел первый из династии Романовых — Михаил. С его приходом стала возрождаться спецслужба.

Настоящий ее расцвет наступил с воцарением на престол в 1645 году Алексея Романова, прозванного современниками «Тишайшим» за спокойный нрав. Трагические для судьбы династии Рюриковичей и российского государства, уроки Смутного времени привели молодого царя к твердому убеждению: личная безопасность и безопасность государства неразделимы. Именно он заложил ее фундаментальные основы, которые с незначительными изменениями просуществовали почти триста лет.

От Особого корпуса опричной стражи к Приказу тайных дел

Продолжая традицию Ивана Грозного, относившегося с недоверием к боярской верхушке, царь Алексей Тишайший приближал к себе людей «худородных» и определял их на службу в личную канцелярию. Она и армия прочно заняли ведущее место в системе государственных органов Руси. В 1654 году он учредил в современном классическом понимании отечественный орган государственной безопасности — Приказ тайных дел. Он размещался непосредственно во дворце. Государь имел в нем свой стол и принимал личное участие в расследовании дел. В штат Приказа входили дьяк и десять подьячих. На него возлагались функции охраны, сыск, следствие, а также обеспечения тайны государственной переписки. Алексей Тишайший понимал, что предают не враги, а те, кто рядом, и потому основные усилия Приказа были нацелены на выявлении государевой измены среди бояр. Наиболее громким делом, которое находилось в его производстве, было «дело на патриарха Никона».

Еще одной и важной особенностью Приказа тайных дел, отличавшего его от Особого корпуса опричной стражи, являлось то, что часть подьячих работала под глубоким прикрытием.