Борьба за политическое преобладание между церковью и самодержавной властью велась неравными силами. Царь ради противопоставления монастырей-вотчинников высшей церковной иерархии — митрополиту и епископату вернулся к практике широкой раздачи и восстановления иммунитетных привилегий монастырей, отмененных во времена Избранной рады. Митрополиту он в отличие от Владимира Старицкого не давал ни одной жалованной грамоты. Еще при предшественнике Филиппа в 1563 г. была отменена подсудность монастырских властей в светских делах митрополиту и епископам. Таким образом, пределы юрисдикции митрополита даже над церковными иерархами резко сокращались. Борьба митрополита против опричнины заранее была обречена на неудачу. Однако Филипп продолжал свои обличения. Летом 1568 г. в разгар следствия но делу И. П. Федорова, митрополит выступил с очередным поучением, увещевая монарха прекратить казни: «Отнюду же солнце в небеси, несть се слышано благочестивым царем свою им державу возмущати». Во время расправы с И. П. Федоровым, послушные царской воле отцы церкви лишили митрополита сана, обвинив его в «порочном поведении», а через несколько дней во время службы в Успенском соборе опричники во главе с А. Д. Басмановым сорвали с него церковное облачение и отправили в заточение. Опала Филиппа сопровождалась почти полным «перебором» церковных иерархов, как его сторонников, так и противников. На этом, однако, включение церкви в бюрократический аппарат государства не было закончено. Эта задача была решeна лишь во второй половине XVII — начале XVIII в.

Расправы с видными представителями московских боярских фамилий происходили на фоне растущей хозяйственной разрухи и ухудшения внешнеполитических позиций России. Осенью 1568 г. Россия потеряла крепость Уллу. Временно перешел в руки литовских войск Изборск. Однако главным обстоятельством, повлиявшим на последующий ход войны, была Люблинская уния 1 июля 1569 г. Теперь Ивану IV пришлось иметь дело с Речью Посполитой, т. е. с объединенным Польско-Литовским государством, унаследовавшим от Великого княжества Литовского его основную внешнеполитическую задачу — сохранение в своем составе русских, белорусских и украинских земель, объединенных некогда в Древнерусском государстве и после монголо-татарского нашествия ставших добычей польских и литовских феодалов.

Международное положение России осложнилось и потому, что не сбылись надежды Ивана Грозного на тройственный англо-шведско-русский союз. Положение Елизаветы, ожесточенно боровшейся в 1568 г. за власть с законной наследницей престола шотландской королевой Марией Стюарт, отдаленно напоминало ситуацию в России, где Грозный видел угрозу трону со стороны Владимира Старицкого. Возможно, это укрепляло у царя надежды на создание действенного политического англо-русского союза, союза двух государей, отстаивающих законную власть. Не случайно на переговорах с Дженкинсоном осенью 1567 г., прося убежища в Англии «для сбережения себя и своей семьи», Грозный одновременно предлагал подобное убежище и английской королеве. Идея политического союза не вызвала интереса английской стороны. Следующему торговому представителю в России, Т. Рандольфу, удалось свести дело к увеличению торговых привилегий Московской кампании. Английские купцы, попавшие в опричное ведомство, получили право свободной и беспошлинной торговли по всей России, исключая Казань, Астрахань, Нарву.

Осенью 1568 г. престол в Швеции занял Юхан Финляндский, женатый на Екатерине Ягеллонке, сестре польского короля Сигизмунда II Августа, на руку которой в свое время претендовал и Грозный. К этому времени относится складывание шведской экспансионистской программы на Балтике. Шведские правящие круги надеялись получить новый источник доходов, поставив под контроль торговые пути из России на Запад. Для этой цели считалось необходимым приобретение узловых пунктов на южном побережье Финского залива, в частности Ревеля.