Целью задуманного похода был «господин Великий Новгород». Вокруг города устроили «великия сторожы и крепкия заставы», чтобы «ни един человек из града не убежал?). Первый отряд опричников, вступивший в город 2 января 1570 г., начал с грабежа монастырей. 6 января в Новгород въехал сам государь всея Руси с основным войском и отрядом стрельцов в 1500 человек. Террор достиг своего апогея. Был схвачен архиепископ Пимен. Опричники ежедневно топили в Волхове по 1000–1500 человек и следили за тем, чтобы никто не спасся, «прихватывая багры и рогатины, людей копии прободающе и топоры секуще, и во глубину без милости погружаху». В синодиках сохранились страшные холодной деловитостью записи о казни холопов, крестьян, горожан. Для обозначения расправы над ними употреблялось безликое слово «отделано». Так, во время Новгородского похода «по Малютине скаске новгородцов отделал тысящу четыреста девяносто человек, и с пищалями отделано 15 человек». Кроме бояр и опальных деятелей, нещадно истреблялись многие из их людей, была перебита преданная И. П. Федорову челядь. Округа в радиусе 200–300 км была опустошена опричными рейдами, хлеб сожжен, скот уничтожен, пострадали и крестьяне. Тяжелым испытаниям подверглась и карельская деревня. Документы пестрят такими записями: крестьянина «опричнина замучили, живот пограбили, двор сожгли». Число жертв в Новгороде достигало нескольких тысяч. Опустошенный и обескровленный город навеки потерял значение соперника Москвы, превратившись в рядовой город Российского царства, полностью подчиненный московской администрации. В 1571 г. торговая сторона Новгорода, а также Бежецкая и Обонежская пятины Новгородской земли были взяты в опричнину. К Вологодской епархии были причислены владения новгородского архиепископа, находившиеся в опричнине, — Двина, Каргополь, Турчасов, Вага с уездами. Были ликвидированы привилегии гостей — сурожан, а их самих переселили в Москву.

Передача в опричнину новых территорий, так же как и погром Новгорода, должна была поправить финансы великого князя, пострадавшие от непосильного бремени войны и дворцовых расходов. Сокровища Великого Новгорода стали достоянием царя, самолично присутствовавшего при изъятии из Софийской казны драгоценной утвари, книг, икон. 13 февраля «милостивый царь-государь» покинул обезлюдевший город, оставшееся население которого было обречено на голод. Тысячи возов с награбленным имуществом сопровождали Ивана IV в обратный путь. Обогатился не только он, но и его верные слуги. «Когда я выехал с великим князем, — рассказывает один из участников этого похода Г. Штаден, — у меня была одна лошадь, вернулся я с 49-ю, из них 22 были запряжены в сани, полные всякого добра». Царский поезд двигался по пустынным местностям. «Все посевы в полях, селах, городах и дворах были сожжены и уничтожены, так что в стране начался такой голод, какого не было со времени разрушения Иерусалима», — писали Таубе и Крузе.

И. С. Пересветов когда-то видел в янычарах Магмета-Салтана «гораздых стрельцов огненыя стрелбы» — образец войска, верную опору царя в борьбе с внешними и внутренними врагами. Новгородский поход, эта, по словам К. Маркса, «кровавая баня», показал, что опричное войско превращалось в сборище мародеров, живших грабежами и убийством мирного населения, соревновавшихся в жестокости по отношению к каждому, кого им угодно было представить врагами царя, и в раболепстве по отношению к царю.