Среди ремесел преобладали деревообработка, кожевенное дело, хлебопечение, металло- и железообработка. Почти полностью отсутствовало сукноделие, в особенности изготовление тонких сукон.

В ряде отраслей промышленности с середины XVI в. происходит заметный прогресс техники. В железообрабатывающей промышленности применяется уже механическая сила (вододействующие молоты). Широкую известность приобретают русские пушечники, вытеснившие из этой отрасли производства иностранцев. В солеваренной промышленности развивается техника глубокого бурения, повысившая производительность варниц. Новые технические приспособления появляются и в мельничном деле. Так, у Спасо-Прилуцкого монастыря в 1543–1544 гг. на Вологде была водяная мельница «на одной трубе, два колеса немецкие». Совершенствуется и строительное дело.

Все это создало предпосылки для промышленной специализации отдельных частей страны. Выделились соледобывающие районы (Старая Руса, Двинское Поморье, Соль Вычегодская, Соль Камская, Балахна, Кострома, Нерехта, Соль Переяславская и др.). Началось производство мыла в районах развитого скотоводства — Вологде и Ярославле. Крупным центром металлообработки был Новгород, снабжавшийся железной рудой из Водской и Ижорской земель, а цветными металлами — из-за границы. Мастерство кузнецов (особенно оружейных) достигло высокого уровня в Серпухове и Твери. Развивалось железоделательное производство в Вологде и небольших городках северо-запада — в Орешке, Тихвине, Заонежье и т. д.

На небольших местных рынках, изобиловавших предметами мелкого производства, господствовали ремесленники и торговцы. Степень специализации в отдельных ремеслах была довольно высокой: так, среди ремесленников, изготовлявших обувь, известны голенщики, каблучники, подошвенники и т. д. Мастера, производившие промышленные полуфабрикаты, постепенно превращались в мелких товаропроизводителей.

Однако в целом товарное производство, мало затронувшее основные отрасли хозяйства, не могло удовлетворить потребности развивающегося государства. Задачи централизации приводили к тому, что государство выступало организатором крупных производств, в первую очередь литейного и денежного дела.

Из постоянных торговых связей все большее значение приобретали сношения Новгорода с Москвою, а также поморского севера с центром страны. От Холмогор путь в Москву шел через Вологду, Галич, Кострому и Ярославль. По Волге и Шексне торговые караваны направлялись из Москвы и центральных областей на Белоозеро. Налаживаются связи и между другими областными рынками. Этому процессу содействовала ярмарочная торговля. В отдельных городах и при крупных монастырях происходят ярмарки, приуроченные к дням местных праздников. Так возникали общерусские связи, ведшие к складыванию общерусского рынка.

В межобластной торговле большую роль играли привилегированные торговцы — гости, а также монастырские купчины из Соловецкого, Волоколамского, Троице-Сергиева монастырей, ведших крупную торговлю солью и хлебом. С ростом экономического влияния торгово-посадских кругов торговые привилегии монастырей постепенно начинают сужаться.

Крупные торговые люди, гости принимали большее участие во внешнеторговых операциях и меньшее — в торговле на местных рынках. Вместе с тем они были и своеобразными великокняжескими агентами по торговым делам. Многие из них становились крупными землевладельцами, занимали видное место в правительственном аппарате. Казначеями и печатниками стали Головины, Ховрины, менее важные посты занимали Дьяконовы, Алексей и Федор Сырковы и другие.

Вместе с экономическими и социальными сдвигами исчезали и такие пережитки феодальной раздробленности, как частновладельческие города. Во владении духовных и светских феодалов оставалось небольшое число городков (например, Алексин — митрополичий, Зарайск — монастыря Николы Зарайского, Касимов — татарских царевичей, Холопий Торг — князей Прозоровских, Воротынск, Одоев, Новосиль — северских князей, Воротынских и др.