Индология как самостоятельная научная дисциплина стала развиваться в России с начала XIX века. В деятельности «отца русской индологии» Герасима Лебедева наметился своего рода комплексный подход к изучению Индии. Лебедев интересовался и прошлым, и различными сторонами жизни современного ему индийского общества. Однако он не создал своей школы и не имел последователей. В 1830–1860 годы в трудах Ф. П. Аделунга, Р. Х. Ленца, О. Н. Бётлингка, И. А. и К. А. Коссовичей, В. П. Васильева и особенно замечательного русского востоковеда П. Я. Петрова русская индология развивалась преимущественно как санскритология, то есть как изучение санскритского языка и санскритской литературы. Индология практически не выходила за пределы изучения культуры «классической» Индии.

Минаев решительно отбросил это традиционное представление, заимствованное главным образом от германской индологии XIX века. Он был первым русским и, пожалуй, европейским индологом, у которого исследования в области санскритологии и древнеиндийской культуры органически сочетались с таким же глубоким и серьезным изучением проблем современной ему Индии.

В России и до Минаева (1800–1860) отечественными авторами были опубликованы десятки статей и книг, посвященных Индии того времени. Однако не очень многие из этих работ являлись результатом научных исследований и имели самостоятельное значение. Громадная заслуга Ивана Павловича и заключается в том, что он впервые изучение проблем современности сделал полнокровной отраслью индологии как научной дисциплины.

Иван Павлович готовился занять кафедру истории восточных стран, однако после возвращения в 1869 году из-за границы он был вынужден сначала занять место доцента на кафедре санскритской словесности факультета восточных языков, а в 1871 году перейти на кафедру сравнительной грамматики индоевропейских языков историко-филологического факультета, которую он с 1873 года занимал вплоть до своей преждевременной кончины 14 июня 1890 года.

Как справедливо отмечал академик А. П. Баранников, «как ученый, И. П. Минаев прошел очень своеобразный путь. Он окончил факультет восточных языков по китайско-маньчжурскому отделению, но посвятил себя изучению Индии. Он готовил себя к преподаванию истории Востока, а должен был занять кафедру сравнительной грамматики индоевропейских языков…». И все же Минаев всегда оставался историком!

Его первой серьезной научной работой было исследование, с публикацией текста и переводом, Пратимокши-сутры (магистерская диссертация, защищенная в 1869 году). После возвращения из поездки в Бирму в 1886 году он выступает первооткрывателем целого ряда важных памятников буддийской литературы, публикуя их тексты в изданиях Лондонского общества по изучению литературы на языке пали.

Главный труд Ивана Павловича в области буддологии — книга «Буддизм. Исследования и материалы». К сожалению, при жизни автора, в 1887 году, вышел лишь первый том и работа осталась незавершенной. Это исследование И. П. Минаева было переведено на французский язык и высоко оценено его современниками.

И. П. Минаев вообще придавал большое значение всестороннему изучению материальных памятников буддийской культуры, о чем свидетельствуют его весьма пространные и точные описания буддийских храмов, ступ и т. д., виденных им во время его путешествий по странам Южной Азии.

Его главные филологические, в том числе узколингвистические, работы также непосредственно связаны с исследованиями в области буддизма. Необходимо выделить особо его докторскую диссертацию — «Очерк фонетики и морфологии языка пали» (1872). Эта работа была признана лучшей грамматикой пали для своего времени. В 1874 году она была переведена на французский, а в 1875 году — на английский язык. Известно, что в те годы именно по грамматике Минаева изучался пали в Индии и Бирме.