С тех пор и до 2000-х основным видом доходов российской организованной преступности остается рэкет – взимание поборов за безопасность сначала с нелегальных, а с конца 1980-х и с большинства легальных предпринимателей. Поскольку предприниматели не получали сколько-нибудь существенной правовой поддержки, они были обречены оказаться «в объятиях» мафии. К середине 1990-х под контролем «бандитских крыш» находилось, по некоторым оценкам, около 85 % всех коммерческих предприятий – в сущности все, кроме занятых охранным бизнесом или работающих под прямой протекцией правоохранительных органов.

В конце 1990-х в производстве охранных услуг бандиты столкнулись с сильной конкуренцией легальных коммерческих охранных агентств, а также коммерциализированных государственных силовых структур. После этого «русская мафия» стала постепенно утрачивать роль абсолютного лидера в защите прав собственности. Растущую долю в ее доходах в 2000-е занимают обычные криминальные промыслы, характерные и для современных зарубежных преступных организаций. Отечественная организованная преступность все активнее занимается экономическими («беловоротничковыми») преступлениями, наркобизнесом, торговлей оружием и антиквариатом, порнобизнесом и многим иным. Тем самым из криминального правительства «русская мафия» в 2000-е постепенно превращается в «обычную» совокупность криминальных фирм.

Проявлением сильных изменений, происходящих в «русской мафии», являются изменения в среде самих воров в законе. К концу 1990-х настоящие воры в законе начали исчезать. По мере коммерциализации мафии старые «понятия», запрещающие иметь собственность и легальный статус, стали только мешать. Хотя в тюрьмах и лагерях сохраняется теневая власть воров в законе, в криминальном бизнесе доминируют новые «авторитеты» («бандиты»), не признающие «воровских понятий».

Отечественная мафия достаточно многочисленна, но по степени организованности заметно уступает зарубежным «образцам». Количество организованных преступных групп измеряется тысячами, однако настоящих преступных сообществ (крупных, стабильных, с межрегиональными и международными связями, имеющих своих людей в органах власти) заметно меньше. По данным Главного управления по борьбе с организованной преступностью МВД РФ, в середине 1990-х их насчитывалось в России порядка 150, они объединяли примерно 12 тыс. человек. Воровские сходки по-прежнему остаются главным институтом криминального управления. Развитие рыночного хозяйства при стабилизации политической власти ведет всегда к тому, что организованная преступность занимает свое «законное место» в обществе, превращается из системы криминальной власти в сеть криминальных фирм. Эта трансформация «русской мафии» еще не завершена, но вектор развития четко обозначился уже в конце 1990-х, когда начал доминировать курс на укрепление политического единоначалия.

Одновременно президент внес в Госдуму законопроект, позволяющий власти при желании переносить рассмотрение громких дел о преступлениях террористического и экстремистского характера из регионов, на территории которых они совершены, в центр. Если «существует реальная угроза личной безопасности участников судебного разбирательства, их близких родственников или близких им лиц», председатель Верховного суда по просьбе генпрокурора вправе передать дело сразу в Москву, в Верховный суд.