По прибытии в Тобольск – столицу Сибири – конвой сдавал каторжан местному конвою. Юридически каторжники, как и сосланные на поселение, переходили теперь под начало сибирского губернатора. Его канцелярия занималась их сортировкой и назначала для каждого преступника конкретное место каторги и род занятий. Сибирский губернатор, как и другие воеводы (Иркутск, Тюмень были также фильтрационными центрами), мог сам решать судьбу многих из прибывших каторжан и ссыльных: одних мог оставить в Тобольске при каком-нибудь деле, других – записать в солдаты, третьих (владеющих профессией) – отправить на местные заводы, всегда нуждавшиеся в рабочих руках. Известно, что Демидовы и другие заводчики пользовались, подчас незаконно, трудом присланных в Сибирь каторжан.

В Сибири, как и в Европейской части страны, было несколько наиболее известных мест каторги. Их «популярность» объяснима тем, что местная администрация постоянно требовала каторжников, без труда которых тогдашние сибирские стройки были бы попросту невозможны. Открытие серебряных копей в Нерчинске в 1703 году, при жестокой нехватке серебра в России, привело к высылке именно туда многочисленных каторжных групп, в которые попадали и политические. В Нерчинске каторжников заставляли добывать в рудниках и плавить на заводах серебро. В конце XVIII – начале XIX века Нерчинск, наряду с Иркутском, стал главной каторгой страны, а его название сделалось нарицательным. А. С. Пушкин в своем стихотворении «Царь Никита и сорок его дочерей» писал, что народ, сплетничая о физиологии царевен,

Камчатские экспедиции Беринга в 1720-1740-х годах превратили Охотск в важный центр государственного освоения Дальнего Востока, и это определило приток каторжных в этом направлении. Позже, с окончанием Камчатских экспедиций, в подготовке которых использовали каторжан, каторга эта «заглохла».

В 1740-1750-х годах увеличился приток каторжан и ссыльных в Оренбург. Город, как известно, начинал строиться дважды: первая закладка оказалась топографически неудачной, поэтому город перенесли на другое место. На стройке постоянно не хватало рабочих, как и военных для местного гарнизона. Там же их использовали для работы в каких-то шахтах.

В середине XVIII века знаменита была каторга в Рогервике (Балтийский порт, ныне Палдиски, Эстония). Туда ссылали приговоренных к смерти преступников, которых запретила казнить императрица Елизавета Петровна. Каторга в Рогервике возникла в конце 1710-х годов, когда Петр I решил создать незамерзающую военно-морскую базу для Балтийского флота. Для этого требовалось материк соединить молом с лежащим в версте от него островом Рогер. Ни сваи, ни ряжи (срубы, заполненные камнем) здесь не помогали из-за глубин и частых штормов. Поэтому работа каторжных, как писал А. Т. Болотов, служивший там начальником конвоя, состояла «в ломании в тутошнем каменистом береге камней, в ношении их на море и кидании в воду, дабы сделать от берега до острова каменную широкую плотину, которые они называли "мулею"». Так как глубины у этой части побережья достигали 30 саженей (более 60 м), то каторга эта стала Сизифовым трудом – зимние штормы уничтожали все, что делали рабочие за лето, и сооружение мола начиналось сызнова. За сорок лет непрерывной работы длина мола достигла двухсот саженей. Благодаря этому «благоприятному» обстоятельству Рогервик стал каторгой на весь XVIII век. В конечном счете «муля» в XIX веке была построена.

Каторжане работали и в рудниках, шахтах, на заводах, на строительстве. Они копали и таскали землю, валили и перевозили лес, забивали в землю сваи. Как долго каторжники работали при строительстве Петербурга, установить трудно, хотя следует признать, что в массовых масштабах их услугами пользовались только в первые годы возведения новой столицы, позже их труд был признан неэффективным.

При Петре I каторжников использовали, как уже сказано, в виде движущей силы галерного флота.