В конце 1790-х годов Иехуда-Лейб обосновывается в Петербурге, где живет в доме своего бывшего ученика и друга Перетца. Перетц и Невахович сразу же вливаются в еврейскую общину столицы, основанную другим выходцем из Шклова, ревнителем эмансипации иудеев Нотой Ноткиным. Их духовные связи с деятелями Хаскалы не прерываются.

В 1798 и 1800 годах Невахович занимается переводом с иврита письменных материалов по делу лидера белорусского хасидизма рабби Шнеур-Залмана бен Баруха, дважды арестованного русскими властями по ложным доносам "меснагдим". При этом он не только сочувственно отнесся к несправедливо обвиненному хасиду, но и, как полагает историк А. Рогачевский, способствовал его освобождению. Чтобы понять всю смелость и нестандартность такой позиции Неваховича, достаточно вспомнить обращение с Шнеур-Залманом того же Абрама Перетца. Последний жестоко оскорблял хасида, насильно запер его в своем доме, чем напомнил ему мрачные застенки Тайной канцелярии...

Человек книги, Невахович всецело отдается творчеству. Свои размышления и душевные переживания он поверяет бумаге. "Тайная некая сила призывает меня к перу,"   признается он. Дебют Иехуды-Лейба как литератора являют собой его "Стихи" на день восшествия императора Александра I на престол 12 марта 1801 года, подписанные "Верноподданейший Еврей Лейба Невахович". Это ода, стихотворный текст которой написан на древнееврейском языке и сопровождается русским прозаическим переводом. Как отмечает культуролог В.Н. Топоров, "в оде нет и следов сервильности или неумеренности славословий. Зато она весьма дипломатична..., автор подчеркивает и свою принадлежность к евреям и избранную им поэтику, ориентирующуюся на образы еврейской библейской традиции". Вот какой панегирик слагает сочинитель императору:

Красота Иосифа блистает в чертах образа Его,

Использование славянизмов (атрибутов высокого "штиля") для жанра торжественной оды вполне оправданно и понятно. Заслуживает внимания другое   нарочитое использование автором-евреем ветхозаветной образности (царь Соломон, библейский патриарх Иосиф). Как заметил филолог О.А. Проскурин, "во всех основных европейских языках...само название еврейства как бы свидетельствовало о свершившемся отделении современного еврейства (несущего на себе "печать проклятия") от древнейшего, библейского бытия".

Для Неваховича, озабоченного бесправным положением своих соплеменников, важно снять с них эту "печать проклятия". Потому, употребляя библеизмы, он обозначает тем самым духовную связь и преемственность нынешних иудеев с пророками и мыслителями далекого прошлого. Слово "еврей" ассоциируется с Библией, и когда Невахович указывает: "Сочинил по-еврейски...Еврей Лейба Невахович", он словно подчеркивает, что произведение свое написал представитель б-гоизбранного народа на языке Священной книги. К слову, не только Невахович, но и другие борцы за права евреев прибегали к сравнениям бытия иудеев с их древними праотцами.

В 1802 году в Петербурге начинает свою деятельность Комитет по благоустройству евреев (так называемый Еврейский комитет), в коем в качестве помощника принял участие и Невахович: он консультировал иудеев-членов Комитета Ноткина и Перетца. Именно в связи с работой Комитета Лейба выпускает в свет свою книгу "Вопль дщери иудейской" (Cпб., 1803) с посвящением министру внутренних дел В.П. Кочубею   аллегорическое изображение положения евреев в России начала XIX века.