Не забывал митрополит и страждущих в темницах. Получил он от царя разрешение рассматривать вины заточенных в тюрьмах. Покаявшихся чистосердечно Никон отпускал на волю, а более всего стремился вырвать из уз людей простых, оскорбленных и заточенных неправедно власть имущими. Борясь за правду, с гордостью вспоминал Никон, многих спас от бед и не напрасно надзирал за царскими властями, не давая народу обид, налогов и разорения творить. Сам государь Алексей Михайлович, слыша о том, зело радовался, что благоволил Бог в его царствование даровать из духовного чина такого всякому благожелательного человека.

Часто в Великий Новгород приходили царские послания, наполненные мудростью (не от Стефана ли Вонифатьевича?) и любовью к митрополиту. Тогда Алексей Михайлович постоянно изъявлял желание его, Никона, видеть в царствующем граде Москве и наслаждаться благой и сладкой беседой с ним. Не помогали отговорки, что в епархии еще много дел подлежит устроению — каждую зиму царь призывал его в Москву и своим указом подолгу не отпускал. Был я и тогда, думал Никон, Священного писания изрядный сказатель, боговдохновенной беседой украшен, глас имел благоприятен и слушающим увеселителен, а непокоряющимся Богу и святой Церкви страшен.

Короче говоря — не было тогда не только равного мне архиерея, но и подобного! Не ленясь, как многие, часто сам совершал я литургию в святой Софии Новгородской, особенно по воскресеньям и в праздники. Когда еще никто почти не говорил проповедей — по воскресеньям и праздникам учил народ слову Божию. Ради сладостных тех поучений многие из самых далеких приходов шли к литургии в соборную церковь, слушали сладостное пение, ибо первее всех завел я в соборной церкви греческое и киевское пение. Чтобы люди почитали храм и священный чин, как никто заботился я о церковном украшении, благочинном одеянии и довольном содержании церковнослужителей. Нет, не зря царь Алексей Михайлович удивлялся такому святых Божиих заповедей исполнению и день ото дня ко мне все большую любовь простирал, все желания мои исполняя!

Тогда, вспоминал патриарх, не только в епархии, но и в столице пришлось ему немало потрудиться. Москва кишела разными мнениями, все отстаивали свои взгляды. Хитроумный патриарх Паисий Иерусалимский оставил в России своего подопечного — Арсения Грека, но тот по доносу других греков был сослан на Соловки. Паисий не прекратил стараний об укреплении позиций грекофилов и вскоре прислал в Москву Назаретского митрополита Гавриила, знающего славянский язык. Гавриил читал в московских храмах проповеди, переводил книги, беседовал с царем и церковными властями. Никон хорошо помнил настойчивость, с которой грек указывал ему на неисправность русских богослужебных книг и обрядов, требовал сопоставления их с греческими.

Вскоре на помощь Гавриилу Паисий прислал в Москву Гавриила–Власия, митрополита Навпакта и Арты, давно сотрудничавшего с русской разведкой на Востоке и известного своей ученостью. Рекомендованный Паисием как «премудрый учитель и богослов великия церкви Христовы», каких «в нынешних временах в роде нашем не во многих обретается», митрополит был уполномочен «отвечать за нас во всех благочестивых вопросах православныя веры». Аналогичную рекомендацию дал Гавриилу–Власию патриарх Константинопольский Иоанникий. Греки оказывали усиленное давление на московское правительство и наедине беседовали с Никоном об исправлении русских церковных книг и обрядов, не забывая о «милостыне» для своих епархий.

Общаясь с греками, царем Алексеем и Стефаном Вонифатьевичем, Никон сохранял добрые и дружеские отношения с кружком ревнителей благочестия, имевшим очень большое влияние. Нетрудно было догадаться, что объединяло столь разных людей, как, например, Аввакум и Федор Ртищев, Стефан Вонифатьевич и Гавриил–Власий. Все они признавали главенство царя Алексея Михайловича над Российской церковью и его мессианскую роль в мировом православии.