Пылая яростью против царя и его сановников, патриарх твердо решил уйти из столицы. Пешком по грязи он пересек Ивановскую площадь; ему подвели царскую карету, но Никон продолжал свой путь пешим до Спасских ворот Кремля, где толпа народа не давала ему прохода и до тех пор держала воротины, пока их не распахнули посланные самодержцем слуги. Сопровождаемый огромными толпами плачущих москвичей, уговаривавших его не покидать столицу, патриарх продолжал шествие через Красную площадь и по Ильинке к своему Воскресенскому подворью. Здесь, благословив и отпустив богобоязненных жителей, Никон провел три дня и три ночи, пока не выбрался из Москвы в двух простых, плетенных из прутьев колясках, на одну из которых погрузил свои вещи.

Никон ехал в Воскресенский монастырь так быстро, что князь Трубецкой, посланный ему вдогонку с царской каретой, встретился с ним только в Новом Иерусалиме. Алексей Никитич, как верный слуга царя Алексея Михайловича, очень просил патриарха принять карету, но Никон отказался наотрез. Тогда Трубецкой оставил карету в монастырском селе Черневе, где она и стояла многое время, ибо ни царь, ни патриарх ее не брали—в такой вошли задор.

Удалиться с патриаршего престола Никон решил не вдруг. Поначалу, как стал он высшим российским архиереем, царь и бояре по их клятвенному обещанию слушать его во всем служили Христовой церкви праведно. Был молодой Алексей Михайлович кроток и послушлив, так что, когда по прошествии трех лет Никон просил отпустить его с патриаршества, самодержец сильно уговаривал остаться, не зная, как без него Церковь управить. Никон снизошел к сей просьбе и пуще прежнего стал обличать сановников и народ за небрежение церковным чином и мирские безобразия, а также и самого царя евангельским и апостольским заповедям учить.

С годами, однако, стал Алексей Михайлович все больше тяготиться суровыми Никона требованиями, почувствовал для власти своей тесноту, начал многие дела по своей воле вершить и по совету с боярами. Царское правительство стало более последовательно соблюдать Соборное уложение о светском суде над священным чином, вынуждено было в условиях тяжелой войны пополнять казну за счет церковных и монастырских доходов, а главное — сам Алексей Михайлович во многих случаях Никона патриарха перестал слушать, начал даже укорять! Этого унижения священства перед царством патриарх не мог ни спустить, ни перенести. Самолюбие обоих владык страдало.

Прямая распря случилась 6 июля 1658 г. Во дворце самодержца давали пир в честь приехавшего из Грузии царевича Теймураза. Патриарх, вопреки обычаю, не был приглашен. Он был взбешен и отправил в царский дворец своего стряпчего Дмитрия Мещерского, князя известной фамилии. На беду, перед дворцом собралась огромная толпа поглазеть на церемониальное шествие. Окольничий Богдан Матвеевич Хитрово, отвечавший за порядок прибытия гостей, рассвирепел, расчищая путь, настолько, что среди народа трахнул палкой по голове и Мещерского.

— Напрасно ты бьешь меня, Богдан Матвеевич, — крикнул князь, — я здесь не просто, но с делом!

— Да кто ты есть?! — осведомился осерчавший распорядитель шествия, который, как и многие придворные, был глубоко оскорблен многолетним вмешательством духовенства в государственные дела.

— Я патриарший человек, — отвечал Мещерский, — и с делом прислан.

— Ах ты… — сказал Хитрово, хватив князя палкой по лбу со всей силы, нанеся основательную рану.