Принялся Никон по монастырскому обычаю трудиться — сам на плечах кирпичи носил для строения великой церкви в Новом Иерусалиме, начал окрест монастыря пруды копать и рыбу в них разводить, также мельницы строить, огороды и сады сажать, рубить лес и расчищать поля под пашню, копать на болотах рвы для устройства сенокосов на осушенных местах, работать косой и граблями, сметывать сено в стоги. Во всех работах показывал Никон монахам пример, первым вставая и последним от трудов исходя.

Смирение Никона приносило не только духовные плоды. Царь Алексей Михайлович, видя его не претендующим на власть и умиляясь подвижническим трудам, согласился оставить за Никоном его владения: Воскресенский, Иверский и Крестный монастыри со всеми приписными монастырями, пустынями, церквами, угодьями и промыслами, на которых работало тогда более шести тысяч крестьян. Чтобы доходов хватало на возведение храма в Новом Иерусалиме, самодержец отказался взимать с них государственные налоги и оброки. Он и сам то и дело присылал Никону милостыню по тысяче и две рублей, жаловал братию снедью от своего стола, делал в пользу Ново–иерусалимского храма отчисления с Камских соляных варниц.

Где–то через год после оставления престола, вспоминал Никон, царь прислал к нему гонца предупредить о татарском набеге и просил укрыться в Макариев Калязин монастырь, имевший крепкие стены. Зная нрав Тишайшего, опальный патриарх заподозрил ловушку и ответил резко: «Чем в Калязин идти, лучше мне быть в Зачатейском монастыре, что в Китае–городе в углу!»

— Про который святейший патриарх Зачатейский монастырь говорит, что он лучше Калязина монастыря? — вопросил царский посланный.

— Тот, — ответил Никон, — что на Варварском крестце под горой у Зачатия.

— Так там же тюрьма, а не монастырь, — возразил гонец.

— Вот и возвести великому государю, — сказал Никон, — что иду в Зачатейский монастырь доложить о своих нуждах.

Спешно придя к Москве, он остановился на Иверском подворье и известил царя, что желает беседовать с ним, дать благословение и уйти обратно, как только кончится татарская опасность. Тут царь и бояре перепугались, стали между собой совет держать и в первый день Никона во дворец не пустили. Во второй день, посовещавшись, послали к патриарху думного дьяка Алмаза Иванова вопросить, о чем он хочет говорить с государем. Никон отвечать дьяку отказался и благословения царю заочно не дал; он сильно волновался и ничего не ел до вечера третьего дня, когда после бурных споров во дворце его все же пригласили к государю.

Сопровождаемый толпами народа, ликующего по поводу возвращения архипастыря и отступления крымских татар, Никон прошествовал во дворец. Царь встретил его на переднем крыльце и сам проводил в палату, где они поговорили о государевой семье, военных делах и душеспасительных вещах, как прежде. Затем Никон пошел к царице и детям Алексея Михайловича, задержавшись на женской половине часов до четырех ночи в молитвах. Ни единого слова о его возвращении произнесено не было. Отказавшись прийти на утренний пир во дворец, Никон на рассвете покинул столицу, где ему на каждом шагу чудились заговоры.

Но враги не отставали ни на шаг и чуть было не настигли в самом безопасном, казалось бы, месте: в Крестном монастыре на Белом море, где Никон вершил каменную соборную церковь Воздвижения и копал в диком камне великий колодезь («на Кий–острове скудость воды была преизрядна»). Келейник его Феодосии оказался подосланным Крутицким митрополитом Питиримом и Чудовским архимандритом Павлом. Они обещали Феодосию сан митрополита Новгородского, если тот отравит Никона. Однажды Феодосии поднес опальному патриарху питье в хрустальной кружке, да Никон вылил отраву, говоря: «Гораздо мутно питье, налейте свежего».