Собственноручное признание агента Питирима и Павла по приказу Никона было отправлено в Москву, туда же отослан и Феодосии со своим сообщником. Царские следователи полностью подтвердили существование заговора на жизнь Никона, но его враги — церковные иерархи — вышли сухими из воды. Казни подвергся один Феодосии. В ответ Никон заявил, что оставил лишь московский патриарший престол, но не отрекался от сана патриарха, что все архиереи, поставленные им на свои степени, должны его почитать, а Питирим Крутицкий седалище архиерея великого олюбодействовал незаконно.

Не хотел и царь оставить Никона в покое. Алексей Михайлович крайне обеспокоился доносом дворянина Романа Бобарыкина, будто бывший патриарх проклинает самодержца и поет на молебне неприличные псалмы: «Да будет двор его пуст, и жена его вдова, и чада его сироты», и подобные. Немедля в Москве был созван собор русских и иностранных архиереев, постановивший сослать Никона в дальнюю и жестокую ссылку; но единомыслия не было — один или два архиерея настаивали на расследовании. Царь согласился с последними.

Царский прихвостень Паисий Лигарид, митрополит Газский, с толпой духовных лиц и придворных, с воинством полковника Василия Философова окружил Воскресенский монастырь. Они не стали слушать объяснения Никона, что он проклинал не царя, а своего супостата Романа Бобарыкина, оттягавшего в суде часть монастырской земли. На месяц, пока велось жестокое следствие, монастырь был заперт и окружен стражей, а его мирские работники томились в тюрьме в колодках. Следствие ничего не дало, но Новый Иерусалим остался под стрелецкой охраной.

Никон видел, что его попытка уйти от мира несостоятельна. То и дело в монастырь по новым доносам набегали следователи. Царя особенно волновало пребывание в Новом Иерусалиме множества иноземцев — греков, поляков, украинцев, белорусов, новокрещеных немцев и евреев, монахов и бельцов, с которыми Никон вел довольно откровенные беседы о положении Православной церкви в России. Выговоры из Кремля сыпались на Никона один за другим, однако царь не забывал посылать своему бывшему другу и наставнику множество гостинцев, которые Никон делил с братией за общей трапезой.

Эта непоследовательность великого государя склонила Никона к мысли поддаться на уговоры хитроумного царского придворного Никиты Зюзина, писавшего в Новый Иерусалим, что Алексей Михайлович через своих приближенных — Афанасия Лаврентьевича Ордина–Нащокина, Артамона Сергеевича Матвеева и других — выражает настойчивое желание, чтобы патриарх вновь занял свое место в столице. Никон опасался коварства своих врагов, но в посланиях Зюзина царская воля была изложена весьма убедительно и подробно. Указывалось число, когда патриарх должен прийти к Москве, и время — к воскресной заутрене; говорилось, что Никон должен представиться у городских ворот архимандритом Саввино–Сторожевского монастыря.

В Успенском соборе, сев на патриаршее место и опершись на оставленный там при сошествии с кафедры посох святого Петра митрополита, Никон должен был принять одну за другой три делегации царских посланных и наконец взять из их рук ключи от патриаршего дворца. На этом затянувшуюся ссору царя и патриарха считалось возможным прекратить. Не без колебаний Никон поддался убеждениям Зюзина и поехал в столицу, выполняя все данные ему от имени царя предписания.

Внезапно появившись в Успенском соборе под пение «Достойно есть», изгнанник целовал иконы, взял прислоненный к патриаршему месту архиерейский жезл и под смятенный шепот духовенства, к восторгу народа, занял свое место. В царском дворце, куда принес весть о неожиданном явлении Никона митрополит Ростовский и Ярославский Иона, со многими сановниками чуть не приключился удар.