Не стерпел Никон такого озлобления — послал врагам посох Петра митрополита с Воскресенским архимандритом Герасимом, а царю велел передать письма, которые писал к нему бедный Никита Зюзин. С тем Никона и отпустили восвояси, а во дворце, когда царь прочел письма, началась великая смута. Матвеев и Нащокин долго доказывали государю, что не говорили от его имени с Зюзиным — да и трудно было Алексею Михайловичу поверить, что такие два врага друг с другом в каком–то деле согласно действовали. Разгневался царь на одного Зюзина и повелел его допросить с жестокими пытками.

Как пришли солдаты к Зюзину в дом, жена его Мария, видя мужа схваченным и на пытки влекомым, тут же от горя умерла. Зюзина страшно пытали и порешили казнить смертью, но царь смиловался и сослал его в Казань в самом младшем чине. Из носивших Никону письма Зюзина один — иерей Сысой — был сослан на Соловки, а другой — иподьякон Никита — на розыске умер. Тело его было доставлено в Новый Иерусалим. Никон встретил его как великомученика, собственноручно омыл и похоронил в строящемся храме, под лестницей, ведущей на Голгофу.

Видел Никон, что приходят жестокие дни, и еще более в монашеском подвиге стремился преуспеть. Во всех своих монастырях приказал он странников и богомольцев по три дня каждого поить и кормить довольно, в монахи всех безвкладно принимать и платье всем казенное давать. В праздники патриарх всегда с братией трапезовал и сам богомольцам ноги омывал, и не только богомольцам, но и заезжим воинам и путникам, человекам двумстам или тремстам в день.

Ел Никон повседневно вареную капусту с сухарной крошкой, в разрешенные дни — огурцы и уху из малых рыб. Ходил в овчине и грубой шерстяной рясе цвета пепла, в церковь надевал еще мантию из черного сукна. Работал же в простой одежде, подпоясанной широким кожаным поясом, посох носил из ветви. Часто патриарх рыбу ловил и от своих трудов братию питал. В посты уходил в специально построенную пустынь и там жестоко плоть свою поклонами и молитвами истязал.

Тем временем власти московские не унимались — все думали, как Никона патриаршества лишить и своего, послушного человека патриархом учинить. Собирал царь на Никона церковные соборы, копил подаваемые на него доносы — но все без дела. Не находили русские архиереи правила, чтобы патриарха законным путем сана лишить, а Никон упорно стоял на том, что покинул патриарший престол временно и от Москвы не в дальние места отошел; как царское величество гнев на милость положит — так святейший и придет назад.

Низвержение

Всего шесть годов правил Никон Русской церковью, а распря его с государем и боярами длилась уже более восьми лет. Наконец Алексей Михайлович и его советники исхитрились собрать в Москве множество православных архиереев из разных стран — и среди них двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Полюбовно договорившись с архиереями–милостынесобирателями и взяв собственноручные подписки с русских иерархов, великий государь организовал осуждение Никона церковным собором. Святейший знал, что приговор предопределен, что его слишком боятся, чтобы оставить на свободе, но не смирился и не сложил оружие.

В конце ноября 1666 г. большой военный отряд окружил Новый Иерусалим. Богатые возки въехали на монастырский двор и выгрузили перед кельей патриарха целую делегацию священнослужителей. Шурша дорогими тканями одежд и сверкая драгоценностями, перед одетым в овчину и подпоясанным веревкой Никоном предстали архиепископ Псковский Арсений, архимандриты и игумены многих монастырей, стрелецкий полковник и прочие царские посланцы. Торжественно объявив титулы царя и восточных патриархов, они передали повеление явиться на собор и дать ответ, почему он, Никон, оставил престол.