Европейски образованный Федор Алексеевич отнюдь не стремился вникать без разбора в любые дела огромного государственного аппарата и подменять своими указаниями ответственность конкретных чиновников. Важнее, впрочем, что юный царь с самого начала поломал основ!/ политических расчетов противоборствовавших при дворе группировок. В них подразумевалось, что система верховной власти останется как при Алексее Михаиловиче, когда малочисленная Боярская дума  выдвигала лишь несколько активных членов, пользовавшихся особым доверием государя, который руководил, полагаясь на первого министра–фаворита (в должности главы Посольского приказа и канцлера) и контролировал администрацию через личную канцелярию — приказ Тайных дел.

В Тайном приказе функция политического сыска и расправы далеко еще не стала доминирующей, как позже в Преображенском приказе, Тайной экспедиции или Тайной канцелярии. Тем не менее либеральный государь поспешил упразднить его как учреждение, стоящее вне единой административной системы, тем более что функцию контроля за госаппаратом исполнял Челобитный приказ. Далее, при Федоре Алексеевиче не появилось ни регентского совета, ни сколько–нибудь постоянной компании фаворитов. Более того, старший брат Петра оказался единственным в длинной веренице царей и императоров, обходившимся без первого министра. Функцию канцлера с первого дня его царствования исполнял думный дьяк Дементий Минин Башмаков, высшим делопроизводством ведал думный разрядный дьяк В. Г. Семенов и даже Посольский приказ после отставки Матвеева (последовавшей в июле 1676 г.) большей частью управлялся дьяками под коллективным руководством царя и Боярской думы.

Именно Дума, где заседали высшие чины государства — бояре, окольничие, думные дворяне и думные дьяки, — была, по замыслу Федора Алексеевича, постоянно действующим верховным распорядительным и законодательным органом (а с учреждением в 1680 г. правительства — Расправной палаты — преимущественно законодательным). С 66 человек царь довел ее численность до 99:причем в основном за счет главных и равноправных заседателей — бояр (их число возросло с 23 до 44). К концу царствования Федора Россия имела также стройную административную систему сокращенных по числу, но более чем вдвое расширенных по штату и в нужных случаях соподчиненных центральных ведомств, опиравшихся на реформированные и унифицированные местные органы власти.

На самом верху этой системы, но вне ее, как независимая духовная опора государственной власти, стояла, по убеждению Федора Алексеевича, Русская православная церковь в лице патриарха и освященного собора. Соответственно только вместе с патриархом Иоакимом государь считал возможным обращаться ко всему народу с указами, имеющими общегосударственное значение. По обычной склонности царя Федора к порядку, это важное обстоятельство было зафиксировано в главной из пяти форм распоряжений верховной власти (привожу в сокращении):

1. По совету с великим господином святейшим патриархом и освященным собором царь указал и бояре приговорили. — Указы о важнейших общегосударственных реформах, войне и мире, экстренных налогах, мобилизации, льготах и т. п. Сия формула, расширенная перечислением сословных представителей, применялась и в актах Земских соборов.

2. Великий государь указал и бояре приговорили. — Решения царя и Боярской думы.

3. Великий государь указал. — Личные приказы царя.

4. По указу великого государя бояре приговорили. — Решения Боярской думы и распоряжения Расправной палаты в рамках данных царем полномочий, как и вышеназванные, имели силу законов.