В начале мая собор, выслушав дело, постановил «исправить» Никона, удалив из обители, где слишком многие почитали его за патриарха и где ему давали полную волю, и накрепко заточив в Кирилло–Белозерском монастыре. Выбор последнего объясняется, по–видимому, известной нелюбовью белозерской братии к смутьяну, засвидетельствованной тем, что Никона держали впоследствии значительно более жестоко, чем предписывалось Иоакимом, неукоснительно лишая и дарованных патриархом послаблений.

Итак, новое царствование началось убедительной победой духовной власти над видимыми противниками с их потенциально опасными связями при дворе. Терем, надеявшийся, как полагают, резко усилить свое влияние за счет родственного воздействия на юного государя, вынужден был надолго отступить в тень. Но и придворные группировки, готовившиеся захватить или потерять власть, столкнулись с неожиданностью. Ожидаемого всеми переворота не произошло!

Старший брат Петра 

Уже 31 января 1676 г., на следующий день после похорон старого государя, канцлер Матвеев уверил иноземных послов, что «при дворе и теперь все останется по–прежнему»: перемены не затронут внешнеполитического курса России и «все те же господа останутся у власти, кроме разве того, что ввиду малолетства его царского величества четверо знатнейших будут управлять вместе с ним». Матвеев и его креатуры, включая в особенности ненавистных знати Нарышкиных, еще много месяцев оставались при дворе, потеряв лишь управление рядом приказов, в том числе Аптекарским, ведавшим здоровьем царского семейства, где под руководством боярина князя Н. И. Одоевского было проведено полное обследование состояния юного государя.

Вместо ожидавшегося обвала отставок и, по русскому обычаю, жестоких расправ с бывшими временщиками, Государев двор с изумлением выслушивал объявляемые на Постельном крыльце четкие и лаконичные «именные» (личные) указы Федора Алексеевича. В частности, царь пресек надежды на передел поместий и вотчин, навечно утвердив приговоры прошлого царствования, и изрядно затруднил смену воевод, назначенных яри его отце. Резко отменил он и обычай «праздничных», «по случаю» пожалований в чины для царских родичей и фаворитов, для которых, обыкновенно, и очищались места «опальных». Чины царь давал щедро, но всегда согласно личным заслугам и родовитости и никогда — списком. Хронически больной юноша неожиданно серьезно отнесся к священным для него обязанностям государя — отца и благодетеля подданных. С непонятно откуда взявшимися силами и энергией юный самодержец самолично вникал в дела дворца, столицы и государства.

Для унятия подобных порывов существовали старые испытанные способы, прежде всего — предписанные традицией публичные обязанности самодержца. Обязательные богослужения в соборах и хождения по монастырям, связанные с шестинедельным поминовением Алексея Михайловича, казалось, должны были исчерпать силы его наследника. Федор Алексеевич по обычаю тщательно обследовал тюрьмы и нашел возможным освободить большую часть узников; обошел богадельни и устроил для московских нищих угощение на все время траура; посетил населенные бедняками окраины столицы» В память об отце государь роздал неимущим огромную по тем временам сумму 24 тысячи рублей.

Уже традиционные для поминальных недель добрые деяния государя далеко не всегда соответствовали укоренившимся представлениям. Так, Федор оказался противником телесных наказаний и содержания под стражей во время следствия.