Но проявившийся на территории и у границ державы мусульманский фактор потонул в более широкой и мощной волне восстаний кочевых народов, в 1678—1679  гг. прокатившейся по всему востоку страны, от Поволжья и Урала до Даурии и Камчатки. Возмущением были затронуты инородцы разных вер и языков: калмыки, татары, башкиры, киргизы, ногайцы, тувинцы, тунгусы, ханты, самоеды, коряки и т. п. Взрыв возмущения при распространении слухов об успехе под Чигирином турок и крымцев, мало или вовсе незнакомых большинству возмутившихся племен и кланов (в том числе буддистских и языческих), был особенно удивителен на фоне попечительной политики царя Федора Алексеевича, стремившегося простереть на инородцев «милостивое и кроткое» правление и жестоко преследовавшего «неправедных» воевод.

С характерной для него последовательностью государь продолжал использовать суровые меры по защите инородцев от «обид» чересчур энергичными россиянами и сыску «неправд» местных администраторов. Неизменными были указания правительства местным властям «держать ласку и привет» ко всем российским подданным, невзирая на их язык и веру, предоставляя «жить по своей воле», в соответствии с их разнообразными обычаями. Однако мирное население понесло в ходе восстаний и набегов тяжелые потери, многие деревни и остроги были сожжены, осаде подвергся даже Красноярск.

Запоздало царь упрекал в лишней суровости и даже сажал в тюрьму воевод и атаманов, в жестоких боях вырубивших, пострелявших и перетопивших в реках изрядное число злодеев. Не администрация и даже не русские были главной целью нападений тех, кого замечательный русский историк XVII в. Андрей Лызлов обобщенно именовал «скифами». Причины для недовольства могли быть различными, однако кочевники (прежде всего скотоводы, но также охотники и рыболовы) проявили свою общность против земледельцев.

Документы отлично фиксируют эту особенность: резне подвергались в равной мере русские и инородческие села и деревни, прилежащие земледелию и вообще оседлому способу хозяйствования. Принявшим более прогрессивные формы жизни и производства сородичам, которые предпочли мирную работу под защитой российских законов, «скифы» мстили особенно жестоко. Указы царей, отчеты воевод и атаманов о боевых действиях весь XVII в. повествуют о попытках племенной знати кочевников возвратить в свою власть, а то и просто в рабство осевших на землю инородцев без особого различия языков и веры.

На царя и патриарха кровавые события 1678—1679  гг. произвели одинаково тягостное впечатление, однако выводы Федора Алексеевича и Иоакима различались. Государь счел, что интересы расширяющейся на Восток державы требуют поставить всю эту племенную знать на службу, интегрировав ее в составе единого господствующего служилого сословия и тем самым превратив «скифов» в законопослушных мирных подданных много» национальной империи. Патриарх до конца дней своих ненавидел и проклинал смущавших покой государства внутренних нехристей гораздо более, чем внешних неприятелей России. Требуя уничтожить всякое инаковерие на просторах страны, Иоаким фактически выражал недовольство тем, что милое его сердцу Русское православное царство расширилось до пределов великой Российской державы и продолжало раздвигать свои границы, включая в них все новые страны и народы.

Как государь не считал для себя зазорным договариваться о мире с турецким султаном, так патриарх по просьбе Федора Алексеевича обращался в декабре 1678 г. к стамбульскому муфтию, признавая в нем законного духовного главу мусульман, дабы совместно остановить имперские устремления двух держав. «Надеемся, — писал Иоаким, — что вы, первый и начальнейший блюститель мусульманского закона, на показание своей духовности, о покое и тишине всенародной большой подвиг свой и учение предложите, и всяким образом хитростно военное расширение удержите, и плод в том правды пред Господа Бога в дар принести похочете, и народам своим милость и покой ходатайством у султанова величества упросите, и рати… пресечете .