Массовая христианизация позволила царю принять меры к упорствующим в зловерии, запретив им (согласно пожеланию Иоакима) владеть вотчинами и поместьями с христианским населением. Эффективность этой меры была обусловлена разрешением крестившимся крепостным (например, мордовским) выходить из–под власти некрещеных помещиков. К зиме 1682 г. последним служилым иноверцам было объявлено, что «не познавшие веру» до 25 февраля навечно лишатся дворянства. Но таких почти не оставалось. При выборе между верой и правом феодальной эксплуатации колебания испытывали единицы.

Меры царя Федора Алексеевича могут показаться крутыми, однако самый злобный обличитель российского империализма не назовет их насильственными. Речь шла исключительно о новых требованиях, предъявляемых государством к господствующему сословию, при полной свободе личного вероисповедания. Никаких репрессий к иноверцам, вроде настойчиво предлагавшегося Иоакимом сожжения всех мечетей и капищ, государь и не думал принимать. Однако как Федор Алексеевич имел веские основания для массовой христианизации служилых иноверцев, так и патриарх не без причины воспылал подозрениями к малороссам и лютой ненавистью к «злобожным» российским подданным.

Безлюдные развалины Чигирина произвели самое неблагоприятное впечатление на украинцев. Даже левобережный гетман Самойлович, для которого этот город был столицей гетманов–соперников, предупреждал государя: его потеря будет равнозначна объявлению, что Украина «царскому величеству ни на что не потребна». Действительно, после ухода Кара–Мустафы Украина была возмущена, а значительная часть Правобережья мигом перешла на сторону турецкого вассала Юрия Хмельницкого. Впоследствии Самойловичу пришлось согнать население на Левый берег и выжечь оставшиеся города, местечки и хутора Правобережья. Иоакиму, не знакомому с тайным указом царя Федора относительно Чигирина, вся эта «шатость» представлялась ярким доказательством неискоренимой склонности малороссов к измене.

Возмущение Украины было предвидено царем Федором при принятии тяжкого решения оставить Чигирин и постепенно «утишено». Более неожиданной для государя стала острая реакция мусульманских подданных России, воспринявших падение Чигирина как признак слабости «белого царя». Воеводы доносили в Москву откровенные высказывания бунтовщиков о мотивах вспыхивавших тут и там восстаний: «Твой, великого государя, город Чигирин турецкие и крымские люди взяли и твоих государевых людей побили, — а они потому и будут воевать, что их одна родня и душа; они, турки и крымцы, там станут биться, а они, башкиры и татары, станут здесь (в Приуралье и Сибири. — А. Б.) биться и воевать» .

В Посольском приказе высоко оценили опасность объединения мусульманских государств и орд против уверенно наступавшей в Азии христианской державы. Мирный договор с калмыцким ханом (1677) после падения Чигирина был практически разорван; влиятельный тайша Аюка даже заключил союз с Крымом (1680) и послал своих всадников воевать с русскими. К объединению усилий с Турцией и Крымом склонялись Бухарское, Хивинское и Юргенчское ханства. Однако благодаря соединенным усилиям русских военных и дипломатов султан и крымский хан презрели интересы вопиявших о помощи мусульман, чьи азиатские владения при заключении Бахчисарайского договора по умолчанию оставались в сфере геополитических интересов России.

Но проявившийся на территории и у границ державы мусульманский фактор потонул в более широкой и мощной волне восстаний кочевых народов, в 1678—1679  гг.