Итогом долгого обсуждения явилось согласие «учинить» 11 епархий: архиепископии в Севске, Холмогорах, Устюге и Енисейске, епископии в Галиче, Арзамасе, Уфе, Тамбове, Воронеже, Волхове и Курске, а Вятскую епископию сделать архиепископией. Это неохотное согласие означало лишь, что архиереи слишком осторожны, чтобы наотрез отказать даже столь негневливому государю, как Федор Алексеевич; но затем они умыли руки, отнюдь не торопясь выполнять принятое решение.

Сорвав епархиальную реформу, Иоаким со товарищи лишили смысла второй важнейший вопрос царя, письменно заданный собору: о «неразумных человецех», отколовшихся от Церкви. Соборное постановление игнорирует содержание царского предложения, о смысле которого, впрочем, нетрудно догадаться. Вместо просвещения и разумного попечения о пастве архиереи требуют, чтобы Федор Алексеевич указал преследовать раскольников всею силою светской власти, требуют имеющих разногласия с духовной властью «отсылать к градскому суду» и казнить, требуют обязательного преследования староверов всеми воеводами, приказными людьми, помещиками и вотчинниками. Наконец, архиереи настаивают, чтобы по их указаниям местная администрация незамедлительно высылала против непокорных военные отряды.

Подробнее процитирован в соборном постановлении запрос Федора Алексеевича относительно богатых монастырей, при которых, вопреки воле вкладчиков, не содержат богаделен и больниц. Несмотря на искажения, в тексте прочитывается ироничное царево недоумение: не от того ли «монашеское крепкое житие упразднилось»? В ответ архиереи предложили свирепые меры наведения порядка среди иноков, вплоть до устроения специального монастыря–тюрьмы для «бесчинников», просили выделить дворян–приказчиков для управления вотчинами женских монастырей и обещали устроить новые гонения на вдовых попов, живущих у добрых людей…

Просьбе царя озаботиться поставлением священников в православные районы за шведской и польской границами архиереи не отказали — при условии, что делегаты от соответствующих общин доберутся до них с удостоверяющими потребность верующих в пастыре документами. Сравнительно с прежним суровым отношением к православным за границей, особенно в Швеции, здесь был достигнут большой прогресс. Не отказал патриарх со товарищи и в просьбе государя снять из «Чиновника», по которому принимают присягу служилые люди, самые «страшные и непрощаемые клятвы, которые к тем делам и неприличны». Вместе с тем царю было заявлено, чтобы он сам «указал отставить церковные казни… и вечною смертью их не убивать», а «изволил тем людям наложить свой государев указ, прещение и страх по градским законам».

В шестом и седьмом предложениях собору Федор Алексеевич заботился о сохранности и наилучшем использовании реликвий Успенского собора и своей дворцовой Благовещенской церкви. Архиереи отвечали индифферентно: «то должно чиниться по воле великого государя». Восьмое предложение — заделать многочисленные входы в монастыри из мирских домов — прошло полностью. Любимая царская идея устроения богаделен и госпиталей «от его государевой казны» также прошла без обсуждения, хотя государь надеялся привлечь к богоугодному делу монастыри и церковные имения. Архиереи потратили на этот вопрос едва ли больше времени, чем на десятый: о запрете нищим побираться в храмах во время службы.

В одиннадцатом предложении государь заботился, чтобы церковнослужители не застраивали для личных нужд земли, отведенные под кладбища; участники собора пообещали по полученным из Земского приказа выписок из писцовых книг такую скверную «пакость» изничтожить. Затем архиереи согласились, что по праздникам нельзя пускать в храмы с едой и питьем, что следует ограничить строительство пустыней (для чего опять потребовали государева указа).

Вообще, даже в изложении соборного постановления, тон Федора Алексеевича и архиереев сильно различается.