Немалое смущение вызвала у восставших и переданная через патриарха грамота с приговором Хованским. В ней не было ни одного упрека в адрес стрельцов и солдат, «вины» князя были намеренно нейтрализованы, так чтобы служилые по прибору не почувствовали угрозы своим завоеваниям. Узнав о князе Иване, «за что казнен бысть», восставшие «вновь в размышление впали. Один говорит: Пойдем за боярами и их побьем; иной же глаголет: Еще подождем. И так от устремления войною в поход, время от времени, час от часа мятущеся, отказались». В этом была немалая заслуга патриарха.

Пикантность ситуации состояла в том, что, получив ложное известие о походе стрельцов, правительство, согласно донесению датского посла фон Горна, пришло в такой ужас, что готово было полностью капитулировать перед восставшими. Медведев тоже описывает страх «в их государском дворе», мотивируя им решение укрепиться в Троице–Сергиевом монастыре, назначение дворовых воевод во главе с Голицыным и организацию обороны крепости. Аналогично описывает он и страх, заставлявший восставших укрепляться в Москве, где не осталось иных людей, кроме патриарха с духовенством, служивых по прибору и посадских.

Мероприятия царевны Софьи с 20–х чисел сентября по 6 ноября являются образцом дипломатического искусства, основанного на строго взвешенной оценке соотношения социально–политических сил и настроений. Несмотря на огромное число собранных под Троицей воинов, в правительственном лагере царили уныние и растерянность. Похвальба бояр и дворян, готовых якобы выступить на «истребление» восставших, не могла скрыть того факта, что они собирались зимовать под Троицей.

Правительство не могло содержать свое многочисленное ополчение и вынуждено было распускать войска на границах, а затем и часть главной армии. Воеводы понимали безумие затеи штурмовать отлично укрепленный город, обороняемый лучшими полками государства при поддержке огромного посада. Нетрудно было представить себе и политические потери правительства при долгой блокаде Москвы: ряд полков на Украине и западной границе уже присоединился к восставшим; поднимались казаки на Дону и народы Поволжья; разведка сообщала о реваншистских планах Речи Посполитой…

Однако Софья шаг за шагом — путем переписки с восставшими через патриарха, с помощью хитроумных переговоров, тщательно продуманных речей, грозных указов и щедрых денежных пожалований — закладывала основу социального мира в столице. Шесть дней — с 21 по 27 сентября — понадобилось для того, чтобы заманить депутацию восставших на переговоры в Троицу; их результатом было уверение со стороны служивых людей, что у них «на царское величество, и на бояр, и на думных, и на ближних людей никакого злоумышления нет и впредь не будет». В переговорах прошло еще несколько дней — и восставшие признали свою вину в том, что взяли тяжелое оружие из арсеналов «без вашего, великих государей, указу»: по известию о казни Хованских боярами и их намерении «рубить» надворную пехоту. Служивые каждый раз отбывали в Москву, «видев и слышав государскую к себе милость».

Эти труды, при незначительности на первый взгляд их результатов, неуклонно вели Софью к цели. 3 октября она еще раз лично говорила с представителями восставших: присутствующие, включая царевну, восплакали от умиления. Восставшие получили обещание полного прощения «вины их тяжкой». Это был важный шаг по возвращении депутации в Москву служивые всех полков «со женами своими и детьми возрадовались радостью великой… тяжкое непрестанное смущение и боязнь отступили от них».