Основание Верхней типографии было лишь одним шагом в борьбе сторонников просвещения с контролем церковной власти. Уже давно, с середины 1660–х  гг., Симеон Полоцкий ратовал за создание в России государственного высшего учебного заведения. Именно Полоцкий организовал выступления на Большом церковном соборе 1666—1667  гг. Паисия Лигарида (якобы митрополита Газского) и двух патриархов — Паисия Александрийского и Макария Антиохийского, обращенные к царю и «всяких чинов людям». Ораторы говорили, что «нестроения» Церкви проистекают от невежества, и призывали к основанию в России училищ славянского, греческого и латинского языков к равной пользе церкви и государства.

Но «мудроборцы» не дремали. Вместо образования государственного училища последовало закрытие школы Симеона. В том же году летом Полоцкий получил грамоты двух восточных патриархов и грамоту Иоасафа патриарха Московского и всея Руси, разрешавшие создание в стране высших училищ «свободных учении мудрости» на славянском, греческом и латинском языках и накладывавшие церковное проклятие на всякого «учений ненавистника, завистника или пакостителя». И вновь начинание Симеона было похоронено, теперь уже на долгие годы.

Воцарение Федора Алексеевича, поддержка верного ученика Медведева — влили в Симеона новые силы. В 1679 г. Россия и окрестные страны наполнились слухами о скором открытии в Москве университета. Не в силах прямо противостоять наступлению просветителей, «мудроборцы» обрушили на них обвинения в ереси. Приближенные патриарха Иоакима и Иерусалимский патриарх Досифей клеймили латинский язык и европейские науки.

Признавая на словах, что «ученье — свет, а неученье — тьма», противники свободного просвещения призывали учить только греческий язык и учиться только у греков, уничтожить в России все латинские книги, а укрывателей их сжечь. «Греко–филы» требовали огнем и каленым железом «угасить малую искру латинского учения, не дата той раздмитися и воскуритися, да не пламень западнаго зломысленнаго мудрования, растекся, попалит и в ничто обратит православия восточнаго истину» .

В разгар борьбы за «малую искру» науки скончался Симеон Полоцкий, завещав любимому ученику, «единомудру себе в науках Сильвестру Медведеву», рукописи и библиотеку. Медведев принял знамя просвещения твердой рукой. В следующем, 1681 г. он на средства царя Федора открыл в Заиконоспасском монастыре славяно–латинское училище, тем самым выступив против патриарха, основавшего греко–славянские школы при Печатном дворе. Сильвестр начал преподавание в училище, совмещая его с активной работой в Верхней типографии, творчеством придворного поэта, заботами настоятеля Заиконоспасского монастыря.

Зимой 1682 г. Медведев нанес мощный удар по позициям «мудроборцев»: несмотря на активное сопротивление патриарха, пытавшегося внести коренные изменения в первоначальный замысел, Сильвестр добился утверждения царем составленной им Привилегии Московской славяно–греко–латинской академии. Этот документ стал подлинным памятником борцам за просвещение России . Он декларировал основные принципы организации государственного автономного высшего учебного заведения для подготовки просвещенных деятелей Российского государства.

Двери в Академию распахивались перед всеми сословиями, ей передавалась знаменитая царская библиотека. Многие статьи Привилегии охраняли преподавателей и учеников от своеволия чиновников и церковных иерархов, от огульных обвинении в ереси. Государственная власть брала на себя защиту Академии и ее членов от любых посягательств, передавая решение касающихся их юридических и богословских вопросов академическому совету.