Опровергая заявление «мудроборцев», что «вся Славянин по природе народа своего смерзается от учения и художества немецкого», Привилегия указывала, что студенты будут изучать все «науки гражданский и духовный» на славянском, латинском и греческом языках, за исключением разве что магии и церковных ересей. Впрочем, решение вопроса, что следует считать ересью, предоставлялось не освященному собору под председательством патриарха, а ученому совету Академии во главе с ее ректором.

В противовес Иерусалимскому патриарху Досифею, убеждавшему русские власти, что «не подобает верным прельщатися через философию и суетную прелесть», что России достаточно иметь начальную школу на греческом языке и с греческими учителями, которым запрещалось бы «забавляться около физики и философии», Медведев утверждал, что высшее образование, национальная наука есть источник силы и славы государства. Просвещенная Россия, писал Сильвестр, увидит весь мир, ибо только знанием «все царства благочинное расположение, и твердое защищение, и великое распространение приобретают».

По замыслу Медведева, Академия силами российских преподавателей должна прежде всего готовить высокообразованных государственных деятелей. Привилегия декларировала, что выпускники Академии (независимо от происхождения!) будут «милостиво пожалованы в приличные чины их разуму». Юношей же, не окончивших курс наук, каких бы чинов ни были их родители (за исключением знатнейших фамилий), царь Федор обещал «в наши государские чины, в стольники, в стряпчие и в прочие… ни за какие дела, кроме учения и явственных на войнах» подвигов, «не допущати».

Но при жизни просвещенного государя и самого автора Привилегии проекту не суждено было воплотиться в практику.

Медведев хорошо сознавал неустойчивость правления Софьи и компромиссный характер ее политики. Более того, летом 1682 г. в зашифрованном сложным «эзоповым языком» обращении к своей соученице Сильвестр советовал ей примириться с патриархом, чтобы совместно отразить выступление расколоучителей. Вскоре эти компромиссы обернулись против него самого.

Милостиво «утишив» Московское восстание, царевна Софья оказалась в положении, точно охарактеризованном в донесении датского посла фон Горна своему королю от 28 ноября 1682 г.: «Несогласия между вдовствующей царицей (Натальей Кирилловной) и старшей принцессой (Софьей Алексеевной) с каждым днем множатся, а оба государя (Петр и Иван), которых подстрекают мать и сестра, начинают посматривать друг на друга с неприязнью. Таким же образом разделились и бояре, причем большинство их (как и большинство молодого дворянства) склонилось к стороне царя Петра Алексеевича. Некоторые, впрочем, крепко держатся за старшего, как и большая часть плебса, хоть и скрыто, но, как чувствуется, основательно. И должно произойти чудо Господне, чтобы в ближайшее время не стряслось великого несчастья» .

«Чудо» совершила Софья. Она не могла опираться на «плебс», но сумела использовать исходящую от него угрозу для давления на своих противников «в верхах» и заставить всех, включая патриарха Иоакима, согласиться с ее временным и неформальным пребыванием у власти. В этих условиях о продолжении политики царя Федора не могло быть и речи. После недолгих колебаний ради альянса с патриархом была разгромлена Верхняя типография. Еще 17 февраля 1683 г. справщикам и печатникам типографии повелевалось указом царским стоять у станков по прежнему», а 28 февраля печатные станы и шрифты было указано сдать на Печатный двор» . В январе 1685 г. царевна ничего не ответила Сильвестру Медведеву, который подал ей на новое утверждение Привилегию Московской академии.