В 1685 г. Софья и Голицын со товарищи вполне сознательно обошли при составлении наказа писцам для нового валового межевания земель в государстве преждепомянутый нами пункт Уложения 1682 г. о конфискации части монастырских земель. В свою очередь, Иоаким не замедлил разослать духовенству выписку из правил межевания, которыми должны были руководствоваться приезжие землемеры, дабы священники и поповские старосты могли со знанием дела отстаивать церковное землевладение. Указания патриарха духовенству были изложены в специальной окружной грамоте.

В контроле за правильностью межевания Иоаким полагался на местных церковных чиновников–десятильников, в руках которых склонен был сосредоточить не только фискальные (по сбору церковных доходов), но и судебные функции (вполне, впрочем, согласно с решением Стоглавого собора). О неправдах землемеров следовало немедля «доносить на десятильничьи дворы», превращаемые патриархом в подобие приказных изб светской власти. Поскольку у многих причтов не было даже выписок из писцовых книг о церковных землях и угодьях, соответствующие выписки должны были «безо всякие мешкоты и задержаны» выдаваться на десятильничьих дворах.

Забота о целостности церковного землевладения не на уровне патриаршей области или крупных монастырей, а применительно ко всем храмам державы выгодно отличала Иоакима от предшественников. Патриарх грозил суровым наказанием тем, кто не выполнит его указаний.

Суровость окружной грамоты и необходимость поставить дело на контроль в Патриаршем приказе связаны были с тяжелейшим положением церковных причтов, которые на «черной» (государственной) земле были уравнены в правах и повинностях с черными людьми, а на землях помещиков и вотчинников не только подвергались налоговой раскладке наряду с крепостными, но практически не были ограждены от произвола светских феодалов.

Даже минимальное обеспечение духовенства через поземельный надел всех церквей стало результатом упорной борьбы Иоакима. Боярский указ 1676 г., запретивший отвод земель храмам (начатый в государственном масштабе еще при Михаиле Романове), патриарху на следующий год удалось отменить. Но нормы отвода земель не было: приписывать земли храмам дворяне могли по своему благорасположению. На соборе 1681—1682  гг., вынужденно уступив в вопросе о крупном монастырском землевладении, патриарх добился существенного решения: всем церквам, еще не получившим земель, велено было отмерить их из владений помещиков и вотчинников: по 10 четвертей в поле и 10 копен сена с каждых 100 четвертей; по 15 четвертей с владений до 500 четвертей, по 20 четвертей — с каждых 600 четвертей владений светских феодалов . Выполнить это решение — реально отмерить и отмежевать землю — бедным попам без помощи десятильников и поддержки патриарха в 1685 г. было бы чрезвычайно трудно, почти невозможно…

Значительно продвинул Иоаким и свою излюбленную идею неподсудности духовенства гражданским властям. В рассказе о соборе 1675 г. мы уже упоминали, что в 1686 г., рассылая повсюду грамоты о неподсудности духовных лиц светским, патриарх сумел исходатайствовать от правительства регентства и царскую грамоту об этом. Теперь Иоаким мог смело противостоять покушениям на несудимость духовенства даже в уголовных делах о воровстве и разбое. Когда в 1688 г. на Север для искоренения разбоя был послан карательный отряд полковника Нечаева, патриарх повелел Новгородскому митрополиту Корнилию буквально следующее:

«Если по татиным (воровским. — А. Б.) и разбойным делам, по оговору разбойников, объявятся священного и монашеского чина люди — и (ты бы) их к градскому суду, к мирским судьям, для распросу и очных ставок с языком отсылать не велел. А велел (бы) тех языков, для очных ставок, присылать в свои митрополичьи приказы… И если по очным ставкам и по розыску священного и монашеского чина люди приличатся (окажутся причастными.