Правда, зверские пытки, в которых обвиняемые, как правило, признавали за собой самые дикие преступления, не сломили Сильвестра, и смертный приговор ему пришлось вынести голословно. Но и расстриженный, до полусмерти измученный Медведев был еще нужен церковным властям: от него добивались «отречения от латинской прелести». Медведева «увещевали», держа в заточения в самых жестоких условиях, «в каких только можно пребывать»; с ним запрещено было разговаривать и — особенно строго — велено «бумаги и чернил отнюдь не давать!».

Текст «отречения Сеньки Медведева» сохранился, однако медведевского стиля в этом опусе не прослеживается. Главное — «кающегося еретика» не удались заставить выступить на церковном соборе, специально подготовленном для осуждения «латинской ереси». К концу 1689 — началу 1690 г. решение о сожжении медведевских сочинений и анафемствовании его единомышленников пришлось принять «якобы соборно». До втого времени, как мы помним, сопротивлялся церковным нововведениям подручных Иоакима и последний украинский ученый иерарх — Лазарь Баранович; Киевский митрополит Гедеон и иные архиереи сдались, как только пало правительство регентства.

Перемена светских властей позволила Иоакиму незамедлительно решить проблему иезуитов. 2 октября 1689 г. по просьбе патриарха и освященного собора они были царским указом высланы из Москвы с требованием, чтобы до польского рубежа «впредь нигде пристанища себе не имели и римской своей службы не отправляли». Для продажи купленного ими дома в Немецкой слободе иезуиты получили два дня; в просьбе письменно предупредить о своей высылке австрийского императора изгнанникам было отказано.

Разумеется, Иоаким выступал не только против двух мирно живших под видом негоциантов представителей ордена Иисуса: он указывал на «противность» Церкви их «печатных писем», «образов на полотнах и на роговой кости, а также и иных прелестей», которые давно вошли в моду при московском дворе и изгнаны быть не могли. 28 февраля 1690 г. Иоаким добился, чтобы знатные служилые иноземцы не смогли занять отведенные им места на царском пиру, но вовсе удалить иноверцев с русской службы было невозможно. Не мог патриарх и полностью запретить в Москве западные вероисповедания.

По указу царей Ивана к Петра Алексеевичей «для братской дружбы» с императором в российской столице разрешалось жить и служить в домах знатных иноземцев двум ксендзам. Полагалось следить, чтобы это не были переодетые иезуиты, чтобы ксендзы не посещали русские дома и не вели никакой зарубежной переписки. Кроме того, был усилен пограничный контроль над всеми въезжающими иностранцами, как будто пугавшее Иоакима чуждое влияние можно было выявить допросами и проверкой «проезжих листов» .

Но именно на полном пресечении контактов благоверных россиян с иноверцами продолжал настаивать старый больной патриарх, достигший к весне 1690 г. почти всех своих практических целей. «Марта в 6 день святейший Иоаким патриарх волею Божиею заскорбел, в 15 день, в субботу второй недели (Четыредесятницы) святили его елеем и преставися в 17 дань на третьей неделе в понедельник в 11 часу дня во второй четверти в начале» .

Слабеющей рукой умирающий подписал Завещание, оставив светским российским властям заповедь ревнителя самобытности:

«И вновь напоминаю, чтобы иноверцам еретикам костелов римских, кирх немецких и татарам мечетей в своем царстве и владениях всеконечно не давать строить нигде.