Обратим внимание на эту поговорку, разделяющую государство и церковно–монастырские владения. Она не случайна для Петра и в будущем выльется в срывание на переплавку колоколов, разгон святых обителей, даже забривание монахов в солдатчину… Одновременно царь декларировал и единство Церкви с остальными государственными подданными — разумеется, в области повинностей. Церковный иммунитет в различных областях вызывал недовольство еще отца и брата Петра, в 1672 и 1677  гг. отменявших иммунитетные «тарханные грамоты». В продолжение этой политики именной указ от 31 октября 1699 г. требовал сбора пошлин в Печатном приказе с грамот, наказов, купчих и других актов с духовных и мирских лиц вообще без всякого изъятия, в отмену прежних узаконений.

У Церкви было отнято право беспошлинного винокурения, право сбора пошлин с торжков на церковных землях (для представления об их масштабе вспомним Макарьево–Желтоводскую ярмарку), сбора таможенных пошлин и т. п. Наконец, в 1700 г., в последние месяцы жизни Адриана, было окончательно указано «тарханы, с кого пошлины не имать, все отставить и брать пошлины всякого чина со всех по Торговому уставу и по Новоуказным статьям равные, для того, что по его величества государя царя указу, каков состоялся в Печатном приказе, печатные пошлины велено имать со всяких чинов людей равные, а с кого наперед сего не имано — и то отставлено» .

Духовенство в имущественной, особенно торговой деятельности было, казалось, просто уравнено в сословных правах, как этого давно требовали дворяне, купцы и посадские люди. Но, как справедливо заметил церковный историк Г. А. Скворцов, ко времени составления по повелению Адриана «Суда святительского» вопрос стоял гораздо острее: «монастыри и архиереи, с патриархом во главе, постепенно поставлены были на положение добытчиков и счетчиков, прикащиков особого вида государевой казны, без права пользоваться ею на церковные нужды» .

Противозаконность такого положения, печальная сама по себе, особенно удручала патриарха угрозой развала тщательно отлаженного им лично механизма церковно–имущественного управления. В двух своих приказах, Казенном и Дворцовом (документов патриаршего Разрядного приказа почти не сохранилось), Адриан в первые же годы архипастырского служения произвел значительные перемены, направленные на более четкое разделение функций, упорядочение документации и повышение эффективности работы. Число подразделений и служащих было увеличено в соответствии с возросшими объемами работы; оклады повышены, но на традиционное «кормление от дел» введены строгие ограничения: Адриан лично распорядился, сколько за какую работу можно брать — «а больше того не имать и христиан на Москве для взяток излишних отнюдь ничем не держать и не убыточить».

Строгое разграничение функций указывалось, между прочим, «для поддержания памяти подьячих и челобитчикам для сведения», в вывешенной в каждом приказе для всеобщего обозрения росписи, скрепленной подписью главы учреждения. Оно коснулось и частных ходатаев по делам — площадных подьячих, которым Адриан в 1699 г. назначил места для работы точно перед теми приказами, по которым они специализировались. Исследователи в один голос хвалят наведенный патриархом порядок и его выходящую за рамки обыкновения постоянную заботу о служащих приказов.

Действительно, повышение жалованья и уменьшение воистину огромных в XVII в. объемов работы приказных сопровождалось при Адриане богатейшими праздничными угощениями, а забота патриарха простиралась не только на близких к нему казначея, дворецкого и глав отделов — «повытий», но и на рядовых подьячих. Известен случай, когда патриарх приказал выплатить иноземному лекарю Фохту весьма солидную сумму в 5 рублей «за лекарство и за работу его, что он лечил подьячего Казенного приказа Вешнякова внутреннюю его болезнь сердечную».