Вынужденное изменение формы судопроизводства отнюдь не означало для Адриана его ужесточения. Усилиями патриарха, по его собственному признанию в грамоте Афанасию Холмогорскому, руководило одно побуждение: «управлять людьми своими правильно», по правилам св. апостолов и св. отцов, — сосредоточившись на устранении произвола во всех касающихся Церкви сторонах жизни. Что же касается мер воздействия на непослушных высшей епархиальной власти, то крайними из них служили угрозы суда и расправы со стороны центральных патриарших ведомств или, яснее, довольно крупные денежные штрафы. Даже относительно преследования раскольников (включая расстриг и совратителей, виновных в организации «самосожжений») указанные Адрианом епархиальным властям меры сводились к допросам и заключению в монастырь с извещением Патриаршего разряда.

Совершенствование местного духовного управления на всем протяжении патриаршества Адриана тесно увязывалось с более четкой организацией центральных ведомств и повышением роли их руководителей. Это неоднократно ставилось в вину архипастырю — как петровскими чиновниками, так и позднейшими исследователями, склонными упрекать смертельно больного Адриана в упущении кормила правления из своих рук, как будто правильная (и с исторической, и с человеческой точек зрения) передача функций вела к ослаблению патриаршей власти. Столь нелепый упрек воспринимается нами с тем большим сарказмом, что впервые его выдвигали именно те петровские чиновники, которые беззаконно посягали на архипастырскую власть и, собственно говоря, организовали ее крушение после смерти патриарха, при жизни которого явно не смогли в полной мере добиться своих корыстных и преступных целей.

Адриан открыто и благодарно пользовался услугами помощников, законно исполнявших свои функции. Одним из таких управителей был казначей Паисий, назначенный на сию должность в 1687 г. патриархом Иоакимом и пребывавший во главе патриаршего Казенного приказа до самой кончины 25 декабря 1694 г. Для обвинения его в гордости и заносчивости, проистекающих от превышения власти, оказалось достаточно одного лишь случая недовольства Афанасия Холмогорского тем фактом, что Паисий способствовал учреждению в 1692 г. в Антониево–Сийском монастыре архимандрии и поставлению первым архимандритом Сийского же игумена, а не кандидата архиепископа Афанасия, не желавшего увеличения независимости одной из виднейших обителей своей епархии. Используя обвинения Афанасия, историки не задавались вопросом, мог ли постриженик Сийского монастыря Паисий действовать не на пользу своей братии и действительно ли дело было решено его влиянием, а не чувством справедливости Адриана, откликнувшегося на просьбу монастырских властей в этом случае точно так же, как патриарх твердо и неуклонно защищал от резких нападок Афанасия независимость Соловецкой обители .

«Гораздо печальнее по своим результатам, — пишет историк Г. А. Скворцов, — было влияние на патриарха Адриана, в последние годы его служения, архидиакона Ионы, который как бы забрал управление епархией патриаршей в свои руки и в делах общецерковных, вероятно, в ряду с другими окружавшими московскую кафедру клириками, распоряжался именем патриарха Адриана, когда последний при тяжкой болезни не мог править церковью и проживал в своем любимом подмосковном Перервинском монастыре» (С. 102).

В свою очередь, протоиерей Николаевский сделал из Ионы роковую фигуру Русской православной церкви: «Он был любимцем патриарха, снискал полное доверие его и, при слабости и постоянных болезнях патриарха, получил при нем влияние и на управление епархиальными делами обширной патриаршей области; здесь он завладел, главным образом, ставленными делами и избранием на должности игуменов и архимандритов.