Год спустя московское правительство решило направить за рубеж вторую группу учащихся. На этот раз местом обучения была избрана Германия. После успешных переговоров с царем послы города Любека в июне 1603 года выехали на родину. В пути к ним присоединились пять студентов, имевших при себе грамоту от Бориса Годунова. Царь просил послов представить русских учащихся городскому совету в Любеке и поместить в школу для обучения немецкому и латинскому языкам. Он выразил пожелание, чтобы русские юноши оставались в православной вере и не забывали русских обычаев, и сообщал, что берет на себя все расходы по их содержанию. В ответном письме царю послы обещали поместить московских учащихся в учебные заведения в Любеке под присмотром добрых и почтенных людей.

Учителя немецкой школы в Москве располагали достоверной информацией о проекте Годунова в области образования. С их слов Конрад Буссов записал сведения о том, что русские студенты были направлены не только в Англию и Любек, но и во Францию. Однако никаких подробностей о лицах, посланных во Францию, не сохранилось. По данным Петра Петрея, несколько русских учеников находились в Стокгольме. Буссов засвидетельствовал, что один из учеников по имени Дмитрий позже вернулся на родину из Стокгольма.

Судьба русских студентов за рубежом сложилась неудачно. В России наступила Смута. Борис Годунов умер, и царская казна перестала отпускать средства на содержание студентов за границей. Заброшенные на чужбину «робятки» вынуждены были искать свои пути в жизни. Немногим довелось вернуться на родину. Среди них был Игнатий Алексеев сын Кучкин, посланный для обучения в Вену и Любек. По возвращении в Москву он рассказал о себе, что «в учении он был в Цесарской земле и в Любках восемь лет, и… во 119 (1610–1611) году поехал из Цесарской земли, научась языку и грамоте, опять к Москве, и на море-де его переняли ис Колывани (Таллинна) свейские люди». С большим трудом Кучкину удалось освободиться из шведского плена и вернуться в Россию.

Борис Годунов не жалел средств, когда речь шла о приглашении искусных докторов и аптекарей. При нем в Москве возник Аптекарский приказ, выделившийся из состава дворцового ведомства. По свидетельству Якова Маржарета, главой приказа был «аптечный боярин», ведавший всеми врачами и аптекарями в государстве. Новая должность считалась одной из высших в Боярской думе. Аптекарский приказ был придворным учреждением и обслуживал царскую семью и близкий к ней круг боярской знати.

Борис ценил своих ученых докторов и много времени проводил в их обществе. Он расспрашивал их об иноземных порядках, советовался о важных государственных делах, особенно религиозных. Сближение православного царя с иноземными докторами вызывало осуждение со стороны приверженцев старины. Русские писатели считали этот грех Годунова едва ли не худшим: «Едино же имея неисправление и от бога отличение, ко врачем сердечное прилежание…».

Правление Бориса было временем расцвета Немецкой слободы на Кокуе, в предместье Москвы. Среди нескольких сот жителей этой слободы преобладали выходцы из Ливонии, принадлежавшие к протестантскому вероисповеданию.